Со своим коллегой, основоположником современной нейрохирургии Уайлдером Пенфилдом, выполнившим свыше 10 000 операций на мозге, Эклс написал книгу «Тайна человека».
А свою книгу «Личность и мозг» («The Self and Its Brain») Джон Экклз написал в соавторстве с одним из самых влиятельных философов науки XX-го столетия К. Р. Поппером .