Джон Купер Кларк родился в Солфорде, Ланкашир, в семье инженера Джорджа Кларка; мать Хильда Кларк писала стихи, хоть никогда и не публиковалась. В подростковом возрасте Джон увлёкся движением модов; затем работал — в частности, помощником строительного инженера, техником в лаборатории Солфордского университета, типографским наборщиком. После неудачной женитьбы и некоторого времени проведённого в Дорсете, Кларк вернулся в Манчестере, где начал выступать в клубах с публичными чтениями стихов.
…В 1980-е годы Джон Купер Кларк практически не выступал (поскольку боролся с наркотической зависимостью; долгое время он был близок с Нико, страдавшей тем же недугом), но в 1990-е возобновил активную сценическую деятельность. Кларк оказал большое влияние на развитие британской инди-рок-сцены: в частности, Алекс Тёрнер из Arctic Monkeys называет его в числе своих главных «источников вдохновения».