Джон Лайонс окончил с отличием Университет Сиднея в 1959 году. Он запросил и получил стипендию на исследования в Кембриджском университете, где получил докторскую степень по теории управления в 1963 году. После получения степени работал в консультационной фирме KSC Ltd в Торонто, Канада. В 1967 году недолго работал в Университете Далхаси (Dalhousie University) в Галифаксе (Канада) прежде чем приступить к работе системного аналитика в фирме Burroughs в Лос-Анжелесе, США.
В 1972 году вернулся в Сидней и стал старшим преподавателем в департаменте компьютерных наук в Университете Нового Южного Уэльса. В 1980-м стал доцентом (associate professor) и, за исключением повышений квалификации в 1978, 1983 и 1989 годах в Bell Laboratories, преподавал до выхода на пенсию в 1995 году по состоянию здоровья.
Джон Лайонс был женат на Марианне и имел двух детей, Катерину и Элизабет.
Кен Томпсон в 1996 году сказал о книге Лайонса:
После смерти Джона Лайонса, Джон О’Брайен (John O’Brien), Стив Дженкин (Steve Jenkin), Крис Молтби (Chris Maltby) и Грэг Роз (Greg Rose), бывшие студенты Лайонса, начали сбор средств на создание кафедры его имени в Университете Нового Южного Уэльса: Кафедра операционных систем имени Джона Лайонса. При поддержке многих выпускников университета, компьютерных фирм, Usenix, Linux Australia, кафедра была создана в 2006 году, став первой кафедрой Университета Нового Южного Уэльса, финансируемой взносами выпускников. В 2009 году Гернот Хейзер (Gernot Heiser) вступил в должность первого лайнсовского профессора.
В 2002 году сад перед новым зданием инженерного факультета и факультета компьютерных наук, был назван в память Джона Лайонса (John Lions' Garden).