Родился в семье врача Жана Батиста Франсуа Лойе (фр. Jean Baptiste Fran?ois Loeillet; 1853—1685). Занимался музыкой с раннего детства, виртуозно играл на гобое, флейте, арфе и клавесине. После смерти отца Жан Батист и его брат Жак (фр. Jacques Loeillet; ?-1685) — в будущем также известный духовик и скрипач, придворный музыкант курфюрста Баварии, росли в семье своего дяди Пьера Лойе (фр. Pierre Loeillet; 1651—1735), известного гентского скрипача. У Пьера Лойе был сын, который, как и его кузен, тоже стал композитором и носил то же имя, что и наш герой — Жан Батист Лойе (1688—1715). Чтобы избежать путаницы, более молодой назвал себя «Гентский Лойе» (хотя работал он в Лионе).
Примерно с 1705 года Лойе проживал в Лондоне, отсюда его прозвище — Джон Лондонский (англ. John Loeillet of London). Поначалу он работал гобоистом в лондонском театре «Драри Лейн» (англ. Drury Lane), а с 1708 по 1711 гобоистом и флейтистом в оркестре театра королевы Анны «Хаймаркет» (англ. Haymarket Theatre).
Умер в Лондоне, оставив значительное наследство родственникам в Генте.
Все музыкальные произведения Лойе инструментальные. Он был прекрасным клавесинистом и среди его сочинений выделяются девять тетрадей уроков для клавесина или спинета. Наиболее яркими в творчестве Лойе считаются трио-сонаты для двух скрипок написанные в духе Корелли и Вивальди. Лойе был одним из первых композиторов, которые сочиняли специально для флейты. Благодаря его деятельности, флейта приобрела большую популярность в Англии. Обучением игре на флейте и клавесине Лойе сделал огромное по тем временам состояние (приблизительно 16000 фунтов).
Давал еженедельные концерты в своём доме, знакомя лондонцев как со своими произведениями так и с новинками французских придворных композиторов. Очень скоро эти концерты стали необыкновенно популярны. Дворяне охотно платили не только за входные билеты, но и за возможность сидеть на сцене вместе с музыкантами.
Необходимо отметить, что иногда Лойе путают не только с его кузеном, но и с французским композитором итальянского происхождения Жаном Батистом Люлли (Giovanni-Baptista Lylli или Lulli), потому что в Англии Лойе стал писать свою фамилию как англ. Luly или англ. Lullie.