Наиболее известен как участник записи знаковых для жанра фьюжн альбомов Майлза Дэвиса In A Silent Way и Bitches Brew; основатель группы The Mahavishnu Orchestra, одного из наиболее ярких представителей джаз-рока 70х; акустического проекта Shakti, пионера жанра world music; участник акустического трио вместе с гитаристами Пако де Лусия и Ал ди Меола.
Его техника игры на акустических и электрогитарах в различных жанрах, таких как джаз, фламенко, индийская классическая музыка, фьюжн и западная классическая музыка оказала значительное влияние на множество известных гитаристов.
Закир Хуссейн, индийский маэстро таблы часто ссылается на Джона Маклафлина как на «одного из лучших и влиятельнейших музыкантов нашего времени». В 2003 Маклафлин отмечен 49 местом в списке журнала Rolling Stone «100 величайших гитаристов всех времен»
Участвуя с начала карьеры во многочисленных записях с такими музыкантами как Мирослав Витуш, Ларри Корриелл, Джо Фарелл, Уейн Шортер, Карла Блей, The Rolling Stones а также многими другими, он заработал репутацию сессионного музыканта «по первому звонку».
В 1969 году, до отъезда в США Маклафлин записал дебютный альбом Extrapolation (с Тони Оксли и Джоном Шурманом), игрой на котором показал импровизационную изобретательность и техническую виртуозность. Он прибыл в США в 1969 году для того, чтобы стать участником группы Тони Уильямса Lifetime. За этим последовала игра с Майлзом Дэвисом на его исторических альбомах In A Silent Way и Bitches Brew (один трек на котором назван в его честь), On The Corner, Big Fun (где он солирует в композиции Go Ahead John) и A Tribute to Jack Johnson. Участие Маклафлина в живом выступлении в составе группы Дэвиса произошло на концерте, часть которого была выпущена в виде альбома Live-Evil (также выступление вошло в собрание Cellar Door boxed set)
В начале 1970 года на студии Douglas Records (основанной Аланом Дугласом) Маклафлин записал Devotion, электрический альбом психоделического фьюжна с заметным влиянием творчества Джими Хендрикса. В записи принимали участие Ларри Янг на органе (на тот момент участник Lifetime), Билли Рич на басу и ритм-н-блюзовый ударник Бадди Майлз (игравший с Джими Хендриксом). Devotion был первым из двух альбомов, выпущенном на лейбле Douglas.
Следующий шаг Маклафлин совершил в совершенно ином направлении: в 1971 году в США вышел его второй альбом, My Goal’s Beyond — собрание чисто акустических работ. Сторона А состояла из двух продолжительных композиций «Peace One» и «Peace Two», представляющих собой сплав джаза и индийских классических музыкальных форм. На стороне B находилось собрание технично исполненных и мелодичных акустических записей; композиции на темы авторов, повлиявших на творчество Джона. Это были такие стандарты как «Goodbye Pork-Pie Hat» Чарльза Мингуса (влияние которого Маклафлин отмечал особо), «Something Spiritual» (Дэйв Херман), «Hearts and Flowers» (Боб Корнфорд), «Phillip Lane», «Waltz for Bill Evans» (Чик Кориа), «Follow Your Heart», «Song for My Mother» и «Blue in Green» (Майлз Дэвис). «Follow Your Heart» выходила ранее на Extrapolation под названием «Arjen’s Bag».
Период My Goal’s Beyond был ознаменован решением Маклафлина стать последователем учения индийского духовного лидера Шри Чинмоя, с которым его познакомил менеджер Ларри Корриелла в 1970 м году. Этот альбом был посвящен Чинмою, одно из стихотворений которого было напечатано на буклете диска. Учитель Чинмой дал Маклафлину духовное имя «Махавишну».
В это время Маклафлин начинает заниматься совершенствованием исполнительской техники, развивая более мощную, агрессивную и быструю манеры игры, которая произведёт огромный эффект в его следующем проекте — The Mahavishnu Orchestra.
В группу Маклафлина 70х годов, Mahavishnu Orchestra, входили скрипач Джерри Гудман (позднее Жан-Люк Понти), клавишник Ян Хаммер (позднее Гэйл Моран и Стю Голдберг), басист Рик Лейрд (позднее Ральф Армстронг), и ударник Билли Кобэм (позднее Майкл Воден). Группа исполняла технически виртуозные инструментальные композиции со сложной структурой, представляющие сплав электрического джаза и психоделического рока со значительным влиянием индийской классической музыки. Mahavishnu Orchestra являлась одним из первых представителей жанра фьюжн и пользовалась популярностью как у поклонников джаза, так и рока. Игру Маклафлина в этот период отличает быстрые соло и экзотические музыкальные размеры.
Отношения музыкантов внутри коллектива были такими же взрывными, как их выступления, поэтому первый состав группы прекратил своё существование уже в конце 1973 года. Группа успела выпустить три альбома: две студийные работы, впоследствии ставшие классикой жанра — The Inner Mounting Flame (1971) и Birds of Fire (1972), а также концертную запись Between Nothingness and Eternity (1973). В 1999 году вышел альбом Lost Trident Sessions, сессии записи которого проходили в 1973 году, но окончательный релиз не состоялся из-за распада группы.
После этого Маклафлин возродил группу со следующим составом: Майкл Воден (ударные), Жан-Люк Понти (скрипка), Ральф Армстронг (бас), Гэйл Моран (клавишные и вокал). Этим составом были записаны две последующие пластинки, после которых Маклафлин почти полностью был поглощен акустической игрой в составе его группы Shakti, исполняющей в стиле, основанном на индийской классической музыке. Третий альбом этого состава был записан в 1976 в основном из-за контрактных обязательств.
После распада второго состава Mahavishnu Orchestra Маклафлин сосредоточился на менее броском, акустическом проекте Shakti. Группа объединяла индийскую музыку с элементами джаза, и может рассматриваться как пионер жанра world music. До создания этого проекта Маклафлин уже несколько лет изучал индийскую классическую музыку. Первое выступление состоялось в 1975 году. Спустя год была выпущена концертная запись Shakti with John McLaughlin. В состав группы входили Лакшминараянан Шанкар (скрипка), Закир Хуссейн (табла), Винаякрам (хатам) и Рамнад Ражхаван (мриданга). Джон был первым западным музыкантом, который получил признание среди индийской аудитории.
В 1973 Маклафлин совместно с Карлосом Сантаной, который также был учеником Шри Чинмоя, записал альбом-трибьют Love Devotion Surrender с композициями Джона Колтрейна.
В 1974 принял участие в записи альбома Ларри Корриелла Spaces.
В 1976 вместе со множеством других музыкантов Маклафлин принял участие в записи альбома Стэнли Кларка School Days.
В 1978 Маклафлин записал альбом, озаглавленный Johnny Mclaughlin: Electric Guitarist — таким был заголовок его первой подростковой визитки в Йоркшире. Запись ознаменовала возвращение Джона к более мейнстримовому фьюжну, к джаз-роковому звучанию; возвращением к электрическим инструментам после трёх лет игры на акустической гитаре.
Также в то время был создал недолго просуществовавший проект One Truth Band, с которым записал один фьюжн-альбом Electric Dreams (1979). В группе состояли из Л. Шанкар (скрипка), Стю Голдберг (клавишные), Фернандо Саундерс (электрический бас) и Тони Смит (ударные).
1979 год примечателен созданием ещё более недолговечного проекта, Trio of Doom. Здесь Маклафлин объединился с Джако Пасториусом (бас) и Тони Уиллиамсом (ударные). 3 марта 1979 на Кубе они отыграли единственный концерт в Театре Карла Маркса, Гавана. Это выступление было частью программы культурного обмена, проводимой департаментом США, известной как «The Bay of Gigs». 8 марта они отправились на студию CBS в Нью-Йорке для записи трёх композиций. Записи этого трио официально изданы в 2007 году.
В 1979 год положил начало выступлениям Маклафлина с составе акустического трио с фламенко гитаристом Пако де Лусией и джазовым гитаристом Ларри Корриеллом. В начале 80х Корриелла на постоянной основе заменил Эл ди Меола. Трио исполняло испанское фламенко с высокотехничными джазовыми импровизациями. В конце тура 1983 года к ним присоединился гитарист Dixie Dregs Стив Морс, который открывал концерты в качестве солиста и выступал вместе с трио в заключительных номерах. Концертный альбом трио Friday Night in San Francisco (1981) имел значительный успех.
В начале 80х Маклафлин также собирает проекты The Players и The Translators, состоящие из французских музыкантов. Вместе с ними были записаны альбомы Belo Horizonte (1981), Music Spoken Here (1982). Выступлениям этого периода характерны яркие импровизационные номера в дуэте с французской пианисткой Катей Лабек. Впоследствии Маклафлин являлся продюсером альбомов сестёр Кати и Марии Лабек.
В 1984 году Маклафлин совершает попытку возродить Mahavishnu Orchestra со следующим составом: Билл Эванс (саксофон), Йонас Хельберг (бас), Митчел Форман(клавишные), Дэнни Готлиб (ударные). Участник первого состава, Билли Кобхэм, участвовал в студийной работе над единственным альбомом этого состава группы — Mahavishnu (1984).
в 1985 году Маклафлин сыграл эпизодическую роль в художественном фильме режиссёра Бертрана Тавернье «Около полуночи» (1986).
В этот период Маклафлин обращается к европейской классической музыке: в 1988 было исполнено написанное им симфоническое произведение для гитары с оркестром — The Mediterranean.
В начале 90х Маклафлин выступал с группой под названием The John McLaughlin Guitar Trio, состав которой постоянно менялся. В 1991 году под этим заголовком выходит концертный альбом Live in Europe, а в 1992 — Que Alegria. Единственным постоянным участником данного электроакустического проекта был перкуссионист Трилок Гурту, с которым Джон сотрудничал с 80х. В творчестве этого периода характерны сочетания джаза, акустической музыки в духе трио гитаристов и элементов индийской музыки времён Shakti.
Следующим гастрольным проектом было трио The Free Spirits, в котором участвовали Джой ДеФранческо (орган Хаммонда, труба) и Деннис Чемберс (ударные). В 1994 году группа выпустила концертный альбом Tokyo Live. Затем Джон вновь обращается к творчеству Джона Колтрейна записывая студийный альбом After The Rain с Элвином Джонсом на ударных.
В 1996 году происходит возрождение трио Маклафлин-ди Меола-де Лусиа для записи альбома и гастрольного тура.
Новое обращение к электрическому джаз-фьюжну произошло с проектом The Heart of Things (одноимённый альбом 1997 года), и концертная запись The Heart of Things: Live In Paris (2000). В состав вошли следующие музыканты: Джим Бирд (клавишные), Деннис Чэмберс (ударные), Мэтью Гаррисон (электрический бас), Гарри Томас (саксофон).
В 1997 году состоялось возвращение к индийской народной музыке в духе Shakti. В проект Remember Shakti (1999), помимо члена оригинального состава Shakti, Закира Хуссейна, состоял из выдающихся индийских музыкантов: U. Srinivas, V. Selvaganesh, Shankar Mahadevan, Shivkumar Sharma, Hariprasad Chaurasia. Состав участников расширился, изменилось звучание и подход к исполнению. К индийским народным инструментам добавилась флейта, электрогитара, ударные, появились вокальные партии. Уменьшилось количество скоростных агрессивных соло, больше времени стало уделяться для солирования остальным участникам группы. В целом музыка стала более спокойной. За период выступлений с 1997 по 2004 годы выпущены несколько концертных записей, а также видео-DVD «The Way of Beauty», где помимо выступлений оригинального состава Shakti представлено выступление нынешней группы в Мумбаи (2000) и на джазовом фестивале в Монтрё (2004).
В 2003 он записал альбом Thieves and Poets — оркестровая версия балета и аранжировки любимых джазовых стандартов для ансамбля классической гитары. Также было выпущено 3-х дисковое видео-DVD «This is the Way I Do It», посвященное обучению игре на гитаре (которое, по мнению некоторых критиков, является значительным вкладом в развитие технологий обучающего видео). В июне 2006 был выпущен хард-боп/джаз-фьюжн альбом Industrial Zen на котором Маклафлин экспериментирует с Godin Glissentar продолжая развитие игры на гитарном синтезаторе.
После завершения турне, лично перебрав записи каждого выступления, Маклафлин составил подборку для второго релиза, доступного только для скачивания в формате mp3, озаглавленную как Official Pirate: Best of the American Tour 2007. Также в это время Маклафлин совместно с индийским перкуссионистом и членом группы Remember Shakti Сельва Ганеш Винаякрамом издаёт ещё один обучающий DVD под названием «The Gateway to Rhythm», посвящённый индийской системе ритма коннакол. Джон также занимается ремастерингом и изданием архивных записей своего проекта конца 70х, The Trio of Doom, в котором принимали участие светила джаз-фьюжна Джако Пасториус и Тони Уиллиамс.
28 апреля 2008 года результаты сессионных записей предыдущего года были выпущены на альбоме Floating Point. В состав сессионных музыкантов входили клавишник Луиз Бенкс, басист Адриан Феро, перкуссионист Sivamani, ударник Ранжи Баро а также с дополнительным участием различных индийских музыкантов. Вместе с выпуском альбома был издан DVD «Meeting of the Minds», на котором показан процесс записи Floating Point, а также интервью со всеми участвовавшими в сессиях музыкантами.
С лета 2008 Маклафлин начал совместное турне с Чиком Кориа и другими музыкантами под именем «5 Peace Band».