Джон Пертви родился в Лондоне в семье гугенотов. Его отец Роланд Пертви был театральным сценаристом и актёром. Образование Пертви получал в Фернгемской школе в графстве Суррей и в некоторых других школах, из которых он был изгнан. После школы он пошёл в Королевскую академию театрального искусства, из которой он был также изгнан.
Пертви был офицером Британского флота. Он служил во время Второй мировой войны. На флоте ему сделали татуировку, которая иногда была заметна, когда он играл в Докторе Кто.
Пертви был женат дважды. Впервые на Жан Марш, их брак длился в течение 1955—1960 годов. Во второй раз — на Ингеборг Росса. С ней он обручился в 1960 году. Вместе они прожили до его смерти, у них есть двое детей — Шон и Дериел.
До последнего дня Джон Пертви занимался озвучиванием. Он умер 20 мая 1996 года в Коннектикуте. Согласно его последней воле, он был кремирован. Пертви умер лишь за несколько дней до британской премьеры полнометражной ленты «Доктор Кто», поэтому в прокате в Великобритании фильм вышел с посвящением Джону Пертви.
После войны он сделал карьеру комедийного актёра, исполняя роль несчастного почтальона в радио-постановке ВВС «Почтальон». Дебют на театральной сцене состоялся в 1963 году в пьесе «Забавная история, случившаяся по пути на форум», а в 1966 ему досталась роль в киноверсии этого спектакля. Первую популярность эму принесла роль в серии комедийных фильмов «Carry On» (рус. Держись!), в которых он снимался в течение 1964—1992 годов.
В 1969 году Джона Пертви был выбран на роль Третьего Доктора в сериале «Доктор Кто». Пертви был приятно удивлен, когда узнал о своей новой роли. До того, как играть Доктора, Пертви не очень интересовался сериалом, потому его образ немного не совпадал с образами предыдущих двух Докторов. В отличие от Уильяма Хартнелла и Патрика Тротона, Пертви сыграл активного, склонного к действиям Доктора в модной одежде. Он играл Доктора в течение пяти сезонов с 1970 до 1974 года. В начале 1974 года Пертви объявил, что заканчивает исполнять роль Доктора. В последний раз он сыграл Доктора в июне 1974 в серии «Планета пауков».
Джон Пертви возвращался к роли Доктора в 1983 году в спецэпизоде «Пять Докторов» и в 1993 году в эпизоде «Измерения во времени». Также он принимал участие в разнообразных ток-шоу. В конце 1995 года он снялся камео в любительском сюжете о приключениях Третьего Доктора к началу седьмого сезона сериала. Это видео никогда не выходило на VHS или DVD, но оно стало пасхальным яйцом на диске «Военные игры». Последним появлением Пертви на экране стала роль в ленте «Cilla’s Surprise Surprise», которая вышла 21 апреля 1996 года.