Джон Рой Андерсон родился в английском городе Аккрингтон в семье с ирландскими корнями. Родителями Джона были Альберт и Кэтлин Андерсон. Позднее из имени John была убрана буква «h», так как Джон всегда мечтал об имени Джонатан (Jonathan). Посещал школу St. John’s Infants School в своём родном городе и начал свою музыкальную карьеру в возрасте 10 лет, играя на стиральной доске в скиффл-группе «Little John’s Skiffle Group», исполнявшей среди прочих песни Лонни Донегана.
В возрасте пятнадцати лет Джон бросил школу и сменил несколько мест работы, попробовав себя в качестве сельскохозяйственного рабочего, водителя грузовика и продавца молока. Джон также пробовал начать футбольную карьеру в клубе Акрингктон-Стэнли, фанатом которого он остаётся до сих пор, но ему отказали во вступлении из-за его хрупкого телосложения.
В 1962 году Андерсон присоединяется к группе The Warriors (также известной как The Electric Warriors), где он и его брат Тони делили место вокалиста. В 1967 году Джон покидает эту группу. Сам он вспоминает об этом времени: «Слишком много веселья, мало репетиций, слишком много наркотиков, недостаточно удовольствия!» (англ. Too much fun, not enough rehearsal, too many drugs, not enough fun!). В 1968 году Андерсон выпускает два сольных сингла под псевдонимом Hans Christian Anderson: «Never My Love» (ремейк хита 1967 года группы The Association) и «The Autobiography Of Mississippi Hobo». В начале лета 1968 года Джон ненадолго присоединяется к группе The Gun, проведя с ними лишь одно выступление.
Позднее, летом 1968 года, в клубе La Chasse в Лондоне Андерсон знакомится с басистом Крисом Сквайром и присоединяется к его группе Mabel Greer's Toyshop, где уже играл гитарист Питер Бэнкс. Андерсон становится фронтменом этой группы, но все трое покидают её ещё до наступления осени, чтобы создать новую команду.
В этом же 1968 году Андерсон, Сквайр и Бэнкс создают группу Yes и приглашают в неё ударника Билла Бруфорда и клавишника Тони Кея. Их дебютный альбом Yes был выпущен в июле 1969 года. Андерсон был в составе группы до 1979 года. Этот промежуток времени известен как «классический период Yes». Джон был главной творческой силой группы и фактически являлся её лидером (сам он называл себя «капитаном команды»). Несмотря на отсутствие классического музыкального образования и самым скромным уровнем игры на музыкальных инструментах в группе, именно Джон был «генератором идей» и инициатором создания таких эпических произведений Yes, как «Close to the Edge» и «Awaken», альбома Tales From Topographic Oceans и многих других.
В начале 1980 года, в ходе записи следующего за Tormato альбома Yes, Джон, вместе с Уэйкманом, выходит из состава группы. В результате, записанный альбом Drama стал первой пластинкой, в записи которой Андерсон не принял участия.
Джон присоединился к заново сформированной группе в 1983 году и снова покинул её в 1988 году из-за продолжавшихся попыток Yes следовать радиоформату и искать коммерческого успеха в рамках мейнстрима. В 1989 году Андерсон и другие музыканты Yes создали группу Anderson, Bruford, Wakeman, Howe (ABWH), укомплектованную басистом Тони Левином, игравшим ранее совместно с ударником Билом Бруфордом в King Crimson. Успех первого одноимённого альбома ABWH, охладевший интерес к Yes среди их поклонников, оставшейся без фронтмена, и последовавший за этим судебный процесс привел к объединению двух групп. На выпущенном альбоме Union в списках музыкантов значилось 8 человек, однако совместно (в одно время и в одном месте) все участники смогли поработать только на последовавшем концертном туре.
После тура некоторые участники покинули группу, но, несмотря на очередную полосу изменений состава, Андерсон оставался её бессменным лидером и вокалистом всё это время и остается по сей день. Он участвовал в записи всех альбомов Yes, за исключением «Drama» (1980) и Fly from here (2011)
Несмотря на то, что участие в Yes всегда стояло для Джона на первом месте, начиная с 1970-х годов он ведет довольно активную сольную творческую жизнь, выпуская собственные альбомы и участвуя, в качестве приглашенного музыканта, в других проектах.
Осенью 1970 Андерсон появляется в качестве приглашенного вокалиста на альбоме «Lizard» группы King Crimson. Андерсон вспоминает: «Они записывались неподалёку, я был просто очарован их музыкой».
Осенью 1971 Джон участвует в записи Джонни Харриса «All To Bring You Morning».
В августе 1975 Джон записывается для песни «So Long Ago, So Clear» греческого композитора и мультиинструменталиста Вангелиса. Песня появляется на альбоме Вангелиса «Heaven And Hell». Так началась совместная работа двух этих музыкантов, которая будет продолжаться многие годы.
В ходе Американского тура Yes 1975 года у Андерсона начинает вырисовываться концепция его первого сольного альбома. С сентября 1975 года по апрель 1976 Джон в одиночку записывает альбом «Olias Of Sunhillow», выступая не только в качестве вокалиста, но и играя на всех музыкальных инструментах (впрочем, поклонники Вангелиса высказывают предположение, что Вангелис, предпочтя вследствие своих контрактных обязательств остаться неизвестным, исполнил часть партий клавишных на этом альбоме). Альбом выпущен в июне 1976 года, обложку разрабатывал художник Дэвид Роу. Андерсон называет два источника, лежащих в основе пластинки — книгу Веры Стейнли Олдер «Зарождение Мира» и работу художника Роджера Дина для обложки альбома Yes Fragile. Журналист газеты «Мелоди Мейкер» в рецензии на пластинку упомянул другой возможный источник вдохновения Андерсона: «Те, кто захотят понять условности повествования, сочетающего элементы народных сказаний и игры воображения, могут обратиться к научно-фантастическому роману Брайана Олдисса „Теплица Или Невероятный Нон-стоп“, довольно точно передающему атмосферу „Olias Of Sunhillow“».
Летом 1980 года Джон и Вангелис выпускают альбом «Short Stories». В ноябре выходит второй сольный альбом Джона — «Song Of Seven». За его выходом следует турне по Англии и Шотландии в поддержку альбома. Группа музыкантов, сопровождавшая Андерсона, называлась «The New Life Band». В ноябре 1981 года выходит следующий совместный альбом Джона и Вангелиса «The Friends Of Mr. Cairo». Позднее Андерсон появляется в качестве приглашённого музыканта на альбоме «1984» Рика Уэйкмана. В конце 1981 — начале 1982 года Джон записывает третий сольный альбом «Animation», выпущенный в июне того же года. Турне по США в поддержку альбома проходит с «ослепительным» успехом.
В начале 1983 года Андерсон, Уэйкман и Кит Эмерсон пробуют объединиться в трио, но безрезультатно. Джон, как приглашённый музыкант, участвует в записи альбома Майка Олдфилда «Crises». В июне 1983 года Андерсон возвращается в Yes, что не мешает ему выпустить третий совместный с Вангелисом альбом «Private Collection», который Джон считает лучшей из всех их работ.
Джон записывает вокальные партии в композиции «Loved by the Sun» из саундтрека к фильму Ридли Скотта «Legend», созданного группой Tangerine Dream, а также в песнях «Silver Trane» и «Christie» из саундтрека к фильму «Scream For Help», написанного Джоном Полом Джонсом, участником Led Zeppelin.
В декабре 1985 года, к Рождеству, выходит сольный альбом Андерсона «3 Ships». В 1986 году Олдфилд приглашает Джона для записи вокальной партии на сингле «Shine». Записывается новый материал с Вангелисом и 6 ноября Андерсон появляется на его концерте в Лос-Анджелесе. В начале 1987 года Джон участвует в записи альбома Гоуэна «Great Dirty World». В марте 1988 года Андерсон, в качестве приглашённого бэк-вокалиста, появляется на альбоме группы Toto Seventh One.
В июне 1988 года Джон издаёт свой пятый сольный альбом In The City Of Angels. В начале 1989 года записывает вокал для песни «Far Far Cry» с альбома продюсера Джонатана Элиаса Requiem For The Americas. Через год Элиас будет продюсировать альбом Yes Union.
В сентябре 1991 года появляется последний студийный альбом Джона и Вангелиса — Page Of Life. Андерсон вспоминает: «Мой последний альбом с Вангелисом. К сожалению, менеджеры опять мешали нам работать вместе». По другой версии, между ними возникла размолвка, вызванная тем, что Джон выпустил американское издание диска, внеся в него изменения и не поставив в известность об этом Вангелиса.
Летом 1992 года Джон записывает часть вокальных партий для альбома Dream японского исполнителя стиля нью-эйдж Китаро (композиции «Island of Life» и «Lady of Dreams»). Осенью Андерсон присоединяется к Китаро в его концертном туре по США, Японии и Таиланду, в ходе которого они выступают перед королевой Таиланда. Весной 1993 года Джон, после двух «разминочных» выступлений, отправляется в тур по Карибам и Южной Америке. Среди посещённых стран были: Чили, Венесуэла, Мексика и Коста-Рика. Дочери Джона — Дебора и Джейд — сопровождают его в качестве бэк-вокалисток.
В начале весны 1993 года Джон поёт для альбома скрипача Чарли Бишерата (англ. ) Along The Amazon. В Феврале 1994 года Андерсон, по приглашению Бразильского музыканта Милтона Насименто, появляется в качестве приглашённого вокалиста на его альбоме Angelus.
Весной 1994 года Джон записывает свой новый сольный альбом на студиях Big Bear в Калифорнии и Kampo Studio, Нью-Йорк. В мае альбом издаётся под названием Deseo. В этой записи Андерсон отходит от стилистики предыдущих альбомов — на пластинке очень заметно влияние латиноамериканской музыки. Однако уже в октябре этого года выходит следующий сольный альбом Джона — Change We Must. В записи приняли участие музыканты Лондонской Академии Камерной Музыки. В декабре 1995 года выходит альбом Джона Angels Embrace. На альбоме Джон выступил как клавишник — в основном это спокойные инструментальные композиции в стиле нью-эйдж. За ним, с перерывом всего в месяц, в январе 1996 года, издается записанный несколькими годами ранее альбом Toltec в этом же стиле.
Летом 1996 года ограниченным тиражом выпускается альбом The Lost Tapes Of Opio для членов Opio Foundation — благотворительного фонда Андерсона. Позднее Джон появляется на одноимённом альбоме мексиканской фолк-группы Cielo Y Tierra.
Весной 1997 года Джон приглашает несколько музыкантов, играющих кельтскую фолк-музыку, для записи нового альбома. Его следующая сольная работа была записана в пабе «The Frog 'n Peach Pub» в городе Сан-Луис-Обиспо, Калифорния. На этом альбоме Андерсон отдаёт должное своим ирландским корням. В июне 1997 года альбом выходит под названием The Promise Ring («Обручальное Кольцо» — Джон только что женился на Джейн Люттенбергер). В сентябре этого же года Андерсон выпускает альбом EarthMotherEarth, записанный на ноутбук в течение отдыха на Гавайаях. В марте 1998 года поступает в продажу альбом Джона The More You Know, записанный им в Париже и Лондоне.
В июне 1999 года Андерсон записывает вокал для композиции с альбома Streams Современной Христианской (англ. ) группы 4Him. В июле этого же года Джон участвует в записи сольного альбома гитариста Yes Стива Хау Portraits Of Bob Dylan.
Весной 2000 года Андерсон, как приглашённый вокалист, появляется на альбоме Outbound группы Bela Fleck & the Flecktones. В декабре того же года принимает участие в записи альбома Captivated бас-гитариста Эдуардо Синьоре.
Весной 2002 года начинается работа над следующим сольным альбомом Джона The Big If. В планах Андерсона — выпустить видеоигру на основе концепции альбома. 3 Июня 2002 года Джон участвует в Нью-Йоркском проекте «United We Sing» — записи альбома, с участием звезд, для помощи детям и супругам жертв 11 Сентября.
31 Января 2006 года, после 6 лет работы, выходит альбом In Elven Lands: The Fellowship, на котором группа музыкантов, среди которых и Джон Андерсон, представляет музыку, вдохновленную творчеством Джона Рональда Руэла Толкина. Среди шестнадцати композиций альбома, выполненных в стилизации под средневековую европейскую музыку, вокал Андерсона присутствует в четырёх песнях, две из которых он исполняет на Английском и две на Эльфийском языках.
В ноябре 2007 года Джон Андерсон в рамках европейского турне посещает Санкт-Петербург и Москву. В своей программе он исполняет известные песни группы Yes, и творения, написанные им совместно с Вангелисом. В это же время он активно участвует в рамках проекта «Paul Green’s School Of Rock», созданного для продвижения молодых рок-музыкантов.
В мае 2008 года с острым приступом астмы он попадает в больницу, и несколько дней проводит в коме. Лечащий врач настоятельно рекомендует Джону отказаться от занятий пением, по крайней мере, на несколько месяцев. В связи с этим отменяется запланированное мировое турне, приуроченное к сорокалетию группы. В сентябре этого же года остальные участники коллектива (Стив Хау, Крис Сквайр и Алан Уайт) принимают решение отправиться в турне с другим вокалистом, подчеркивая, что речь не идет о замене Андерсона в постоянном составе группы. Джон Андерсон через свой сайт выразил отрицательное отношение к этому решению коллег и начал готовить к выпуску серию сольных проектов с другими музыкантами, в частности, со Стивеном Лэйтоном.
Голос Андерсона часто называют «ангельским». Несмотря на то, что сам он называет себя альт-тенором, вокальная партия Джона в композиции «Owner of a Lonely Heart» является примером так называемой техники «смешанного голоса» (известного также как микст): верхний (головной) регистр (англ. head voice) (фальцет) и нижний (грудной) регистр (англ. chest voice) (разговорный голос) постепенно смешиваются. Чем выше поет голос, тем больше слышен фальцет и меньше — нижний регистр, и наоборот. На пике высоты голоса («yeeows» перед гитарным соло) используется уже исключительно фальцет. Другие известные вокалисты, использовавшие эту технику: Стивен Тайлер (Aerosmith), Хью Вилсон (Vertigo), Стинг, Бобби Кимболл (Toto).
Именно Андерсон ответственен за большинство стихов и тем мистического содержания в творчестве Yes. Эти элементы стали неотъемлемой частью группы, отталкивая в свою очередь некоторых музыкантов, более всего Бруфорда и Уэйкмана. Возможно, это стало одной из причин, по которым они в своё время оставили группу. Тексты песен часто пишутся под впечатлением от прочитан