В 1972 году Джон Уотерс снял фильм «Розовые фламинго» с Дивайном в главной роли. Критики называют картину «самым отвратительным фильмов всех времён».
Начиная с фильма «Жизнь в отчаянии» (англ. , 1977), Уотерс начал снимать реальных осуждённых преступников (Лиз Реней, Патриция Хёрст), а также знаменитую в прошлом порноактрису Трейси Лордс.
Выход фильма «Полиэстер» в 1981 году с Дивайн и Тэбом Хантером в главных ролях ознаменовал интерес режиссёра к коммерческому кино. За «Полиэстером» последовали ещё более успешные, но не менее изобретательные, чем раньше, картины: «Лак для волос» (1988 год), «Плакса» (1990 год), «Мамочка — убийца-маньячка» (1994 год), «Пекер» (1998 год) и «Безумный Сесил Б.» (2000 год).
В 2002 году «Лак для волос» был поставлен на Бродвее как мюзикл, по нему в свою очередь был снова снят фильм «Лак для волос», который шёл в прокате по всему миру и собрал более 200 млн долларов.
Фильм 2004 года «Грязный стыд» являет собой возвращение к раннему противоречивому стилю.
В 2009 году театр Musicaldome в Кёльне (Германия) с огромным успехом начал показывать немецкоязычную версию мюзикла «Лак для волос».
Джон Уотерс — открытый гей, активный защитник прав гомосексуалов.
Джон Уотерс легко узнаваем по своим фирменным тонким усикам, которые он неизменно носит с начала 1970-х. Кроме того, он обычно появляется с сигаретой. В основном живёт в своём родном городе Балтиморе, штат Мэрилэнд, где также происходит действие всех его фильмов.