Джонни Ли Миллер родился 15 ноября 1972 года в городе Кингстон-апон-Темс, Англия, Великобритания. Уже в юношеские годы он участвовал во множестве театральных постановок, пока в 17 лет не бросил колледж и не решил полностью посвятить себя актёрской карьере. Его первым знаменитым фильмом стала картина «Хакеры», где он познакомился со своей будущей женой Анджелиной Джоли (пара вскоре развелась). Кроме того, Миллер сыграл одного из героев культового фильма «На игле», по роману Ирвина Уэлша. Очень дружен с актёрами Юэном Макгрегором и Джудом Лоу, совместно с которыми в 1997 году основал кинокомпанию Natural Nylon (просуществовала до 2004 года).