Первым хитом Мекнера была игра Karateka («Каратист»), написанная им во время учёбы в 1984 году. Prince of Persia («Принц Персии»), выпущенная в 1989 году, отличалась плавной анимацией персонажей. Обе части были выпущены компанией Br?derbund. Для анимаций, использованных в Prince of Persia, Мекнер днями изучал видео и фотографии его бегающего и прыгающего брата Дэвида и использовал действия в игре. В 1993 году он основал компанию Smoking Car Productions в Сан-Франциско, группу разработчиков развлекательного ПО, чтобы выпустить The Last Express. Игра в продаже провалилась, и Smoking Car Productions пришлось закрыть.
В 2003 году Ubisoft выпустила четвёртую часть саги Prince of Persia: The Sands of Time («Принц Персии: Пески Времени»), в которой Мекнер принял участие в качестве писателя и игрового дизайнера. Он принял участие в создании лишь заголовка к пятой части, Prince of Persia: Warrior Within («Принц Персии: Схватка с Судьбой»), являющейся продолжением Prince of Persia: The Sands of Time. Третья часть трилогии «Песков Времени», Prince of Persia: The Two Thrones («Принц Персии: Два Трона»), вышла в декабре 2005 года.
Мекнер сейчас занимается написанием сценариев и дизайном компьютерных игр. Он также написал и режиссировал два документальных фильма, удостоенных премий, Waiting for Dark и Chavez Ravine: A Los Angeles Story.