Джованни Анимучча родился во Флоренции в 1500 году. Несмотря на известность композитора в Риме, он не спешил переезжать в столицу и первые тридцать лет своей жизни провел во Флоренции и об этом отрезке его биографии известно крайне мало.
С именем Джованни Анимуччи связаны зачатки развития специальных встреч при церкви, которые получили название «Оратории», инициатором которых был Филипп Нери.
В 1555 году Анимучча получил звание капельмейстера хора в Ватикане и в этой должности он оставался до самой смерти.
Джованни Анимучча скончался 20 марта 1571 года в городе Риме.
Согласно «ЭСБЕ»: «Его преемником был знаменитый Палестрина. А. писал мадригалы, мотеты, в три-четыре голоса, гимны для ораторий, магнификаты и мессы. Этот композитор отличался изумительною быстротою письма и музыкальною плодовитостью.»