Сын архитектора, учился у Алессандро Бонвичино (Моретто) в Брешии. Работал в Тренто, Бергамо (в конце 1540-х гг), Альбино, Вероне, Милане. Два кратких срока пребывания Морони в Тренто совпали с двумя заседаниями Тридентского собора (1546–1548 и 1551–1553), к этому периоду относятся работы художника в алтаре собора Санта-Мария Маджоре в Бергамо. Тогда же он познакомился с Тицианом (легенда XIX в. об ученичестве у Тициана в настоящее время не подтверждается). Испытал влияние Лоренцо Лотто и Джироламо Савольдо. Был в Бергамо весьма востребованным портретистом. В портретах стремился запечатлеть движение жизни в удачном повороте головы, живом взгляде, жесте своих моделей, что будет впоследствии использовано в европейском портретном искусстве XVII в.
Среди его учеников – Джованни Паоло Каванья, он оказал воздействие на фра Гальгарио и Пьетро Лонги.
Лучшей коллекцией работ Морони располагают Лондонская Национальная галерея и галерея Уффици, его вещи хранятся и во многих других музеях мира.
Портной, ок. 1570-1575, Лондонская национальная галерея
Донатор, молящийся Богоматери, ок. 1560, Национальная художественная галерея, Вашингтон
Джованни Пьетро Маффеи (1533-1603), преподаватель риторики в университете Генуи, ок. 1560-65, Бергамо
Алессандро Виттори, 1552, Бергамо