Джованни Перголези родился в Йези, где он изучал музыку под руководством Франческо Сантини. В 1725 году он переехал в Неаполь, где он постигал основы композиции под руководством Гаэтано Греко и Франческо Дуранте. В Неаполе Перголези остался до конца своих дней. Здесь впервые были поставлены все его оперы, кроме одной — L’Olimpiade, премьера которой состоялась в Риме.
С первых же своих шагов на композиторском поприще Перголези зарекомендовал себя как яркий сочинитель, не чуждый экспериментов и новаций. Самой удачной его оперой является написанная в 1733 году «Служанка-госпожа», быстро завоевавшая популярность на оперных подмостках. Когда в 1752 году она была представлена в Париже, то вызвала ожесточённые споры между сторонниками традиционной французской оперы (среди которых были такие корифеи жанра, как Люлли и Рамо) и поклонниками новой итальянской комической оперы. Споры между консерваторами и «прогрессистами» бушевали в течение пары лет, пока опера не сходила со сцены, в течение которых парижское музыкальное общество оказалось расколото надвое.
Наряду со светской, Перголези активно сочинял и духовную музыку. Самым известным произведением композитора является его фа-минорная кантата Stabat Mater, написанная незадолго до смерти. Stabat Mater («Стояла мать скорбящая») на стихи итальянского монаха-францисканца Якопоне да Тоди повествует о страданиях Девы Марии во время распятия Иисуса Христа. Этот католический гимн для небольшого камерного состава (сопрано, альт, струнный квартет и орган) — одно из самых вдохновенных произведений композитора. Stabat Mater Перголези была написана в качестве «дублёра» аналогичного произведения Алессандро Скарлатти, исполняемого в неаполитанских храмах каждую страстную пятницу. Впрочем, вскорости эта работа затмила свою предшественницу, став самым часто издаваемым в XVIII веке произведением. Её аранжировкой занимались многие композиторы, включая Баха, который использовал её как основу для своего псалма Tilge, H?chster, meine S?nden, BWV 1083.
Перголези создал ряд крупных инструментальных работ, включая скрипичную сонату и скрипичный концерт. В то же время ряд сочинений, приписываемых композитору после его смерти, оказался фальшивкой. Так, долгое время считавшийся детищем Перголези «Concerti Armonici» оказался на поверку сочинённым немецким композитором Унико Вигельмом ван Вассенаром.
Перголези скончался от туберкулёза в возрасте 26 лет.
Композитор стал героем фантастического рассказа Роберта Сильверберга «Джанни», где группа учёных переносит Перголези в будущее. Рассчитывая на богатство и славу, он начинает сочинять массовую музыку и становится членом рок-группы, но во время первого концерта погибает от передозировки.