Первое профессиональное образование (1549—1557) получил в студии Джакопо Понтормо. Приехал в Рим после 1560 года, и был нанят для работы Джорджо Вазари в 1562 году. Он написал два полотна в стиле маньеризма для Студии Франческо I в Палаццо Веккьо: «Аллегория Мечты» и «Сбор амбры».
Он работает над алтарями в Санта Мария Новелла и Санта-Кроче. Написал запрестольный образ из «Призвания апостола Матфея» для капеллы Сальвиати в Сан-Марко, где он работал вместе с Франческо Морандини.
Нальдини также был одним из первых кто вслед за Пармиджанино стал работать в технике тонального рисунка.
«Вирсавия в купальне», Эрмитаж
«Плач по мёртвому Христу», 1572, Национальная галерея
«Призвание апостола Матфея», ГМИИ им. Пушкина