Томсон родился в 1856 г в Читем-Хилле (Cheetham Hill) вблизи Манчестера. Изучал физику в лаборатории Бальфур Стюарта в Оуенс-колледже в Манчестере, затем в 1876 году выиграл стипендию на обучение в Кембридже, где проучился до 1880. С 1882 г. лектор по математике в Trinity Colledge (Кембридж). С 1884 г. заместил Рэлея, став профессором физики на кафедре экспериментальной физики в Кембридже. В 1882 г. удостоен премии Адамса за сочинение о движении вихрей («Treatise on the motion of vortex rings»). В 1890 женился на Розе Пейджт (Rose Paget), у них было двое детей.
В 1881 году Дж. Дж. Томсон ввёл понятие электромагнитной массы, назвав так ту часть массы, которая обусловлена энергией электростатического поля заряженной частицы. Эта работа считается первой работой, в которой обсуждается связь энергии и массы.
В 1897 открыл электрон, за что в 1906 году был удостоен Нобелевской премии по физике с формулировкой «за исследования прохождения электричества через газы». Сын Томсона Джордж Пейджт Томсон (George Paget Thomson, 1892—1975) также со временем стал Нобелевским лауреатом по физике — в 1937 году за экспериментальное открытие дифракции электронов на кристаллах.
В 1911 г. он разработал так называемый метод парабол для измерения отношения заряда частицы к её массе, который сыграл большую роль в исследовании изотопов.
За научные заслуги Томсон был награждён медалями Б. Франклина (1923 г.), М. Фарадея (1938 г.), Копли (1914 г.) и др.
Одним из учеников Томсона был Эрнест Резерфорд, который позже занял его пост.
Умер Томсон в Кембридже 30 августа 1940 г.
Томсон в своих теоретических и экспериментальных работах является одним из наиболее талантливых и блестящих последователей Максвелла. Большинство работ его, напечатанных в «Philosophical Magazine», посвящено явлениям электрическим, в последнее же время особенно прохождению электричества через газы исследованию лучей Рентгена и Беккереля. Из сочинений Томсона известны: «The Application of dynamics to Physics and chemistry» (нем. пер.), в котором автор применяет общий метод Лагранжевых уравнений к решению многих вопросов физики и физической химии; «Recent Researches on Electricity and magnetism», являющееся как бы продолжением знаменитого курса Максвелла и трактующее в блестящем математическом изложении главным образом вопросы о прохождении электрических разрядов через газы; «Elementary Treatise on the mathematical Theory of electricity and magnetism» (немецкий перев.; русский перев. под ред. проф. Садовского).