Эдгар Бенитес начал карьеру в клубе 12 октября, но на профессиональном уровне дебютировал в 2005 году, когда перешёл в «Либертад», который в 2000-е годы был самым сильным во всём Парагвае.
В составе «Либертада» Эдгар дважды становился чемпионом Парагвая, доходил до 1/4 финала Кубка Либертадорес.
В 2008 году было объявлено, что Бенитеса выкупает мексиканская «Пачука», однако в том году он на правах аренды выступал за «Соль де Америка».
С 2009 года Бенитес всё же стал игроком «Пачуки». Долгое время он был игроком замены, который своими выходами усиливал игру. В феврале 2010 года, выйдя, наконец, в стартовом составе, Бенитес отметился дублем в ворота «Ягуарес Чьяпас» (2:2).
С 2008 года Бенитес выступает за сборную Парагвая. Свой первый гол за «Альбироху» он забил 1 апреля 2009 года в ворота Эквадора в рамках отборочной кампании к чемпионату мира 2010 года. В 2010 году Бенитес был включён взаявку сборнойПарагвая на чемпионат мира в ЮАР, где парагвайцы сумели дойти до 1/4 финала.