Родился 21 декабря 1936 года в г. Смоленске.
В 1954—1956 учился в 1-м Балтийском Высшем военно-морском училище.
В 1956—1958 учился в Каспийском высшее военно-морском училище им. С. М. Кирова.
С октября 1958 года по октябрь 1960 — командир БЧ-3 сторожевого корабля «Куница». В 1959 году вступил в КПСС.
С октября 1960 по сентябрь 1961 года — командир торпедной группы, а с сентября 1961 по декабрь 1962 — командир БЧ-3 ПЛ «С-65».
В декабре 1962 назначен на должность командира БЧ-3 ПЛ «С-234».
С мая 1964 по сентябрь 1965 года — стажер на судах Минморфлота СССР.
В сентябре 1965 года назначен на должность командира БЧ-3-помощника командира ПЛ «С-151».
С апреля 1966 года — помощник командира ПЛ «С-384».
С декабря 1966 года — старший помощник командира ПЛ «С-74».
В 1967—1968 годах обучался в Высших специальных офицерских классах ВМФ, после окончания которых назначен на должность старшего помощника командира 353-го экипажа ПЛ.
С декабря 1968 года — командир ПЛ «С-310» Черноморского флота.
С апреля 1969 года — старший помощник командира ПЛ «К-249».
7 июня 1971 года назначен на должность командира ПЛ «К-418» (проект 667А).
В 1973—1975 годах проходил обучение в Военно-морской академии, после окончания которой назначен на должность начальника штаба 13-й дивизии ПЛ.
В 1978—1980 годах проходил обучение в Военной академии Генерального штаба Вооруженных Сил им. К. Е. Ворошилова.
В 1980 году назначен командиром 41-й дивизии ПЛ Северного флота.
9 октября 1981 год Указом Президиума Верховного Совета СССР от а за мужество и отвагу, проявленные при исполнении специального задания командования, капитану 1-го ранга Балтину Эдуарду Дмитриевичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 11460).
17 февраля 1982 года присвоено звание контр-адмирал.
С апреля 1982 года — заместителем командующего, а с октября 1983 года — командующий 2-й флотилией ПЛ.
В 1987 году назначен на должность 1-ого заместителя командующего Тихоокеанским флотом.
7 мая 1989 года присвоено звание вице-адмирал.
В 1990—1993 годах — начальник кафедры оперативного искусства ВМФ Военной академии Генерального штаба Вооруженных Сил.
15 января 1993 года назначен командующим Черноморским флотом.
16 июня 1993 года указом Президента РФ от № 926 присвоено воинское звание «адмирал».
21 февраля 1996 года снят с должности, с ноября того же года — в запасе.
Умер 7 октября 2008 года в Москве. Похоронен на Братском кладбище в Смоленске.
В 1995 году баллотировался в Государственную Думу России 2-го созыва в составе избирательного блока «За Родину!».
С августа 1996 года член Президиума координационного совета и сопредседатель движения «Народно-патриотический союз России».
Возглавлял общефедеральный список Народно-республиканской партии России на выборах в Государственную думу 4-го созыва.
Участник «Движения в поддержку армии».
Награжден орденами Ленина (1981), «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3-й степени (1978), медалями, именным оружием. «Почётный полярник».