Эдуард Кноблаух учился в Берлинской архитектурной академии. В 1824 году стал соучредителем Берлинского союза архитекторов и входил в его правление до августа 1862 года. Кноблаух также был соиздателем журналов, ставших провозвестниками профессиональной архитектурной прессы в Германии.
По окончании учёбы в 1828 году Кноблаух отправился в ознакомительные поездки по Германии и Голландии. Вместе со своим другом Фридрихом Августом Штюлером он также побывал в 1829—1830 годах во Франции, Швейцарии и Италии.
В 1830 году Кноблаух обосновался в Берлине и стал первым частным архитектором Берлина, противостоя тем самым доминирующей роли Карла Фридриха Шинкеля в государственном строительстве.
В 1845 году Кноблаух стал членом Берлинской академии художеств. Болезнь и помещение в больницу помешали Кноблауху лично возглавить реализацию своего главного творения — Новой синагоги. Его заменил Фридрих Август Штюлер. Архитектору не довелось дожить до открытия синагоги: он умер 29 мая 1865 года в Берлине.
Сыновья Кноблауха Эдмунд и Густав, а также его внук Арнольд Кноблаух также стали архитекторами.