Доктор медицины, действительный статский советник.
Жена — Сидония Бернгардовна Шперк (урожденная Герстель). Имел четверых детей: сыновья Бернгардт, Фридрих, Густав, дочь Сидония.
Брат Ф.Ф. Шперка.
По семейному преданию род Шперков был связан с Россией более двухсот лет. Шперки были выходцами из Германии, осевшие в России в конце XVIII века. Первые достоверные сведения о семье Шперк относятся к 1836 году, когда вольнопрактикующий врач Фридрих Андреевич Шперк (1808—1858) представил прошение об определении на должность врача в Нежинские богоугодные заведения. Фридрих Андреевич Шперк был женат на Каролине Рейниш, дочери профессора Харьковского университета, адъюнкта исторических наук Антония Рейниша. Фридрих Шперк был почетным членом Штетинского Энтомологического общества и Московского общества естествоиспытателей, а также членом-корреспондентом Политико—экономического общества.
Унаследовав от отца «научный пыл» и страсть естествоиспытателя, Эдуард Фридрихович Шперк учился в Харьковском университете на медицинском факультете по стипендии Министерства внутренних дел. По окончании учебы он был направлен назначением МВД в Якутию, а позже — в Приамурский край, где проработал 10 лет, исследуя медико-топографические и социальные причины возникновения инфекционных эпидемий. Работы доктора Шперка были первыми в истории России исследованиями Приморья и Амурского края. За эти исследования он был удостоен степени доктора медицины. Подобную работу в Якутии проводил в то же время его брат, Франц Фридрихович Шперк (1835—1903).
В 1891 году Э. Ф. Шперк был назначен директором Императорского Института Экспериментальной медицины. На этом посту доктор Шперк видел своей задачей «претворять научные достижения в практику». Такая установка сыграла решающую роль в том, что уникальный институт стал «не теплицей для выращивания отвлеченно-лабораторных построений и выращенных под стеклянным колпаком ученых, а научно-жизненным центром» . Практически все сотрудники Института приняли участие в борьбе с эпидемией холеры в Астрахани и Баку, использовав на практике научные достижения, полученные в лабораториях Института. Принимая участие во многих конференциях и конгрессах, доктор Шперк постоянно в своих докладах пропагандировал идею непризнания за наукой «иного значения, как то, которое полезно для человечества». «Сердце великодушное, чуткое и самоотверженное — доктор Шперк имел ум и качества ученого первого порядка», — писал Э. Лансеро, французский врач-венеролог, член французской академии медицины, в предисловии к парижскому посмертному изданию трудов Э. Ф. Шперка.