Отец был врачом, мать — дочерью пастора. Отец умер в 1817 году. Эдуард учился в латинской школе в Людвигсбурге, затем в семинарии в Бад-Урахе, закончил богословский факультет Тюбингенского университета. Другом его студенческих лет был рано умерший поэт Вильгельм Вайблингер, который представил Мёрике уже больному Гёльдерлину. История этого знакомства описана Германом Гессе в рассказе «В Перселлевском садовом домике».
C 1826 года Мёрике служил помощником пастора в различных приходах Баден-Вюртемберга, в 1834 году получил наконец пасторское место в Клеверзульцбахе под Вайнсбергом. В 1851 году по состоянию здоровья (он отличался болезненностью и склонностью к ипохондрии) вышел в отставку, стал преподавать немецкую литературу в школе для девочек в Штутгарте, в 1866 году вышел в отставку и здесь.
Принадлежал к так называемой швабской школе немецких романтиков (Л. Уланд, В. Гауф и др.). На многие из его стихотворений, которые отличаются редкой даже для романтиков мелодичностью, написаны песни. Известна также его проза: роман «Художник Нольтен» (1832), повесть «Моцарт на пути в Прагу» (1856). Перевел Гомеровские гимны, стихотворения Анакреона, Феокрита и других греческих поэтов.
Стихотворения Мёрике были положены на музыку Р. Шуманом, И. Брамсом, Х. Вольфом, Х. Пфицнером, М. Регером, Робертом Францом и др. К образу придуманной Мёрике в «Художнике Нольтене» райской земли Орплид не раз обращался Хосе Лесама Лима.
На русский язык стихотворения Мёрике переводили И. Тургенев, А. Фет, О.Анстей, Л. Андрусон, А. Штейнберг, С. Ошеров, А. Карельский, Г. Ратгауз, А. Парин, В. Куприянов, Д. Щедровицкий, Р. Дубровкин и др.