Родился в 1893 году в Старо-Пебальской волости Вольмарского уезда Лифляндской губернии (современная Латвия) в семье крестьянина. Латыш по национальности. С 5-летнего возраста вместе с родителями жил на окраине Риги, учился в городской школе, изучал малярное дело. В 1910 году уехал в Германию, где окончил Берлинское королевское художественное училище. По возвращении в Латвию был призван на военную службу. С января 1915 года в составе 4-го Видземского латышского стрелкового батальона участвовал в боях на фронтах Первой мировой войны. Прапорщик. Был награждён серебряной нагрудной медалью на Станиславской ленте с надписью «За усердие», Георгиевским крестом 4-й степени и в 1917 году произведён в офицеры.
После Октябрьской революции участвовал в формировании 1-го лёгкого артдивизиона Латышской стрелковой советской дивизии, а затем назначен его командиром. Летом 1918 года сыграл решающую роль в подавлении левоэсеровского мятежа в Москве и разоблачении заговора Локкарта.
Член РКП(б) с ноября 1918 года.
С декабря 1918 года сражался с белогвардейцами на Западном, Юго-Западном и Восточном фронтах Гражданской войны. Во время Орловско-Кромского сражения в октябре 1919 года — начальник снабжения Латышской стрелковой советской дивизии. С ноября 1920 г. сотрудник Регистрационного управления полевого штаба РККА. Принимал участие в боях под Каховкой и Перекопом. Затем служил в штабе Армии, был сотрудником ИККИ.
С февраля 1921 года — сотрудник Спецотдела ВЧК — ОГПУ.
В 1927 г. внёс предложение в ВСНХ СССР о строительстве Вишерского целлюлозно-бумажного комбината (Красновишерск, на Вишере, Северный Урал). В 1929 году выезжал вместе с главным инженером Д. С. Соколовским и главным механиком П. П. Кузнецовым в Германию и США для закупки оборудования. С 6 января 1931 года — начальник строительства Вишерской целлюлозно-бумажной фабрики ОГПУ, где при нём отбывал заключение Варлам Шаламов, упоминавший Берзина в своих произведениях. В общей сложности Вишерский ЦБК был построен за 18 месяцев.
14 ноября 1931 года назначен директором треста «Дальстрой». В бухту Нагаева прибыл на пароходе «Сахалин» 4 февраля 1932 года. Позднее совмещал должности уполномоченного коллегии ОГПУ СССР (затем — НКВД), Далькрайкома ВКП(б), Далькрайисполкома и начальника Нагаево-Магаданского гарнизона Охотско-Колымского района.
В мае 1935 года выезжал в Амстердам, где ускорил покупку парохода «Кулу» для нужд «Дальстроя».
10 апреля 1937 года присвоено спецзвание — дивинтендант.
Награждён нагрудным знаком Почётного работника ВЧК — ОГПУ (1932 г.), а 22 марта 1935 г. — постановлением ЦИК СССР — орденом Ленина.
В сентябре 1937 года на совещании при Финансовом отделе НКВД СССР отмечены существенные недостатки в работе возглавляемого Э. П. Берзиным треста «Дальстрой» .
4 декабря 1937 г. Берзин выехал из Магадана в отпуск на «материк». 19 декабря арестован недалеко от Москвы, на ст. Александров как организатор и руководитель «Колымской антисоветской, шпионской, повстанческо-террористической, вредительской организации».
18 апреля 1938 года газета «Советская Колыма» опубликовала решение партийной комиссии при Политуправлении «Дальстроя» об исключении из рядов партии Э. П. Берзина и 21 его соратника. Газета также опубликовала статью О. П-вой «Борьба с троцкистско-бухаринским охвостьем не закончена. Ни малейшего ослабления бдительности!».
1 августа 1938 года Военной коллегией Верховного суда СССР «за измену Родине», «подрыв государственной промышленности», «совершение террористических актов», «организационную деятельность, направленную на свержение существующего строя» Э. П. Берзин был приговорён к высшей мере уголовного наказания и расстрелян.
Реабилитирован 4 июля 1956 года.
Как одному из руководителей строительства города Магадана перед зданием мэрии города в 1989 году был установлен бюст Э. П. Берзину. Именем Берзина названа одна из улиц города.
Улицы некоторых населённых пунктов Чукотки носят имя Берзина в латышской версии его фамилии - ул. Берзиня в Анадыре, Билибино, Усть-Белой.
Образ Эдуарда Берзина многократно возникает в произведениях писателя Варлама Шаламова . Вот что пишет Шаламов о «колымском периоде» работы Берзина: