Родился 4 марта 1865 года в Пудивере.
Учился в таллинском уездном училище, которое окончил в 1882 году. Был журналистом с 1883 года — работал в различных газетах в Таллине, Тарту и Риге.
В 1890—1892 годах жил в Берлине. В 1896 жил в Москве, где соприкасался с марксистскими кружками латышских студентов. Вильде принял участие в революционном движении 1905 года и вынужден был эмигрировать в Финляндию, где издавал политический сатирический журнал «Виселица» (1906), который тайно распространялся в Эстонии. Затем эмигрировал в Данию, в Копенгаген. Поездка в Америку в 1911 году дала писателю материал для сборника сатирических фельетонов «Улыбки».
Вернулся на родину после Февральской революции 1917 года. Вступил в эстонскую социал-демократическую партию. В независимой довоенной Эстонии занимался в основном изданием собрания своих сочинений.
Перед смертью Вильде обратился с воззванием к эстонскому народу, призывая его к активной борьбе против фашизма.
В своих произведениях Эдуард Вильде изображал разорение и обнищание эстонской деревни и пролетаризацию крестьянства (романы «В холодную страну» 1896, «Железные руки» 1898, а также другие).
Э. Вильде написал историческую трилогию о крестьянских волнениях в Эстонии конца 50-х годов XIX века — «Война в Махтра», «Когда крестьяне из Ания посетили Таллин», «Пророк Малтсвет» (1902—1906). Трилогию пронизывает мысль о том, что освобождение народа из-под гнёта прибалтийско-немецких помещиков не может произойти без активной борьбы крестьянства.
Часть его произведений переведена на финский, немецкий, латышский и русский языки.