В 1956-1966 годах обучался в средней школе №1150 г. Москвы.
В 1966-1971 гг. студент исторического факультета МГУ. Ученик видных представителей отечественной школы количественных методов в исторических исследованиях, историков Владимира Дробижева и академика РАН Ивана Ковальченко.
1971-1973 гг. - аспирант Института истории СССР АН СССР
1973 — 86 гг. — заведующий отделом истории СССР за рубежом, историографии, источниковедения, методов исторических исследований журнала «История СССР».
1992 — 96 гг. — заместитель главного редактора журнала «Отечественная история», с 1996 г. — член редколлегии.
1986 — 96 гг. — МГИАИ (с 1991 г. — РГГУ): старший преподаватель, профессор, заведующий кафедрой отечественной истории новейшего времени, декан факультета архивного дела (1986—90 гг.), проректор по научной работе (1990—93 гг.).
С 1995 г. — член международного редакторского совета и заместитель главного редактора международного альманаха «Исторические записки».
С 1997 г. — профессор исторического факультета МГУ, руководитель Информационно-аналитического центра теоретических проблем исторической науки, ответственный редактор информационно-аналитического Бюллетеня Центра «Теоретические проблемы исторических исследований».
С 1999 г. — заместитель декана исторического факультета МГУ по учебно-методическому объединению и дополнительному образованию, член экспертного Совета ВАК по отечественной истории (1992—96 гг.), заместитель председателя экспертного Совета ВАК по историческим наукам.
С 2000 г. — член редколлегии журнала «Вестник архивиста».
С 2006 г. — ректор ГОУ ВПО Российского государственного гуманитарного университета (избран тайным голосованием 15 марта 2006 года). Переизбран на новый 5-летний срок 15 марта 2011 года.
C 2009 г. — член Правления Российского Союза ректоров, член Президиума Совета ректоров государственных вузов Москвы и Московской области.
Основные научные результаты Пивовара Е. И. связаны с историческими исследованиями социальных проявлений и последствий научно-технической революции для истории России XX века, показывающими коренные изменения в облике различных социальных групп в эпоху НТР, дающими серьёзное методологическое, историографическое и источниковедческое обоснование для последующих работ историков по данной проблематике. Вместе с акад. И. Д. Ковальченко, Л. В. Миловым, проф. В. З. Дробижевым участвовал в создании отечественной школы количественных методов в исторических исследованиях, внес значительный вклад в разработку проблем теории исторического познания. Большое значение имеют исследования, ведущиеся под руководством Е. И. Пивовара, для изучения судеб российской эмиграции в XX веке, истории стран постсоветского зарубежья.
Член научных советов ряда федеральных архивов (ГА РФ, РГАСПИ), диссертационных советов при МГУ, ИРИ РАН, РУДН (1999—2001 гг.), председатель диссертационного совета при РГГУ (1991-97гг.). Заместитель председателя учебно-методического совета по истории Министерства образования РФ (с 2000 г.).
Участник Международных конгрессов по историческим наукам (Монреаль, Канада — 1995 г., Осло, Норвегия — 2000 г., Сидней, Австралия — 2005 г.), Международных конгрессов по экономической истории (Будапешт, Венгрия — 1982 г., Берн, Швейцария — 1986 г., Лувен, Бельгия — 1990 г., Милан, Италия — 1994 г., Мадрид, Испания — 1998 г., Буэнос-Айрес, Аргентина — 2002 г., Хельсинки, Финляндия — 2006 г.). Выступал с лекциями, участвовал в семинарах, коллоквиумах и конференциях в США, ФРГ, Великобритании, Франции, Греции, Испании, Японии, Израиле, Швеции, Финляндии.
Автор около 200 научных работ, включая монографии, главы в коллективных трудах, учебники и учебные пособия для средней и высшей школы, опубликованные как в РФ, так и за рубежом (США, ФРГ).
Неоднократно читал курсы лекций за рубежом (1989 г. — университет Остина, Техас, США, 1990 г. — университет Чикаго, США, 1991 г. -университет Иллинойса Урбана-Шампань, США, 1993 г. — читал лекции в рамках программы фонда Фулбрайта, университет штата Мичиган, Анн-Арбор, США и др.)