Е. Н. Пермитин родился 27 декабря 1895 (8 января 1896 год)а в Усть-Каменогорске (ныне Казахстан). Сын столяра-краснодеревщика. В 1913 году, экстерном сдав экзамены за учительскую семинарию, приехал на Алтай, 2 года работал учителем в сельских школах. В 1916—1917 на военной службе в Барнауле. В 1917 году в барнаульской газете «Жизнь Алтая» напечатан первый рассказ «Последний вечер», с которого, по словам писателя, началась его литературная биография. В 1923 году в Усть-Каменогорске выпускает первый в стране охотничий литературно-художественный журнал «Охотник Алтая».
В 1925 году в Новосибирске возглавил новый журнал «Охотник и пушник Сибири», в котором в 1926 году опубликована его повесть «Капкан». На алтайском материале написаны повести «Когти» (1931), «Враг» (1933), «Любовь» (1937), вошедшие позднее в значительно переработанном виде в роман «Горные орлы» (1951). С 1931 года жил в Москве.
В 1938 году был арестован по ложному обвинению и с 1938 по 1944 год провёл в ссылке.
В 1954 году писатель приехал на Алтай с эшелоном первоцелинников. Им он посвятил роман «Ручьи весенние». С конца 50-х работал над автобиографической трилогией «Жизнь Алексея Рокотова»: «Раннее утро» (1956), «Первая любовь» (1962), «Поэма о лесах» (1969).
Секретарь СП РСФСР с 1970 года.
До последних дней писатель не забывал Алтай. В письмах передавал «земной поклон родному Алтаюшке-батюшке», писал, что краю, изумительным его людям он посвятил всё своё творчество.
Е. Н. Пермитин умер 18 апреля 1971 года. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (участок № 7).
В память о писателе названы улицы в Усть-Каменогорске и Новосибирске.