Третий сын короля Испании Альфонса XIII и Виктории Евгении Баттенбергской, единственный здоровый сын этой четы.
Покинул страну вместе с отцом в 1931 году. Служил в Британском флоте. Перед смертью в 1941 году в Риме Альфонс XIII отрёкся от престола в пользу Хуана, и ранее считавшегося престолонаследником (старшего сына-гемофилика Альфонса уже не было в живых, кроме того, он отказался от своих прав, вступив в брак с простолюдинкой; второй сын, глухонемой дон Хайме, герцог Сеговийский, предпочёл считаться главой французского королевского дома). После этого Хуан, живший в Лозанне (Швейцария) и Эшториле (Португалия), был претендентом на испанский престол как «Хуан III» и выступал оппонентом режима Франко.
В 1969 году Франсиско Франко объявил своим преемником сына Хуана, принца Хуана Карлоса, при живом отце. Это решение не было признано графом Барселонским и большинством королевских домов Европы, и после смерти Франко в 1975 году и вступления Хуана Карлоса I на престол дон Хуан продолжал не признавать сына королём.
В 1977 году после отказа короля от преемственности режиму Франко граф Барселонский вернулся в Испанию, отказался от своих претензий и признал права сына, сохранив свой титул.
В 1978 году Король Испании присвоил ему звание Почётного адмирала флота (исп. Almirante Honorario de la Armadae)
С 4 декабря 1988 года — генерал-капитан флота.
Умер от рака лёгких в Памплоне. Похоронен в Эскуриале, рядом с могилами испанских королей.
12 октября 1935 года сочетался браком с принцессой Марией де лас Мерседес де Бурбон и Орлеан. У семьи 4 детей: