Заниматься хоккеем начал в пятилетнем возрасте. Воспитанник ЦСКА, Михайлов начал свою профессиональную карьеру в 1994 году в армейском клубе Санкт-Петербурга, который в то время тренировал его отец.
В 1996 году решил попробовать свои силы за океаном и сезон 1996/1997 провел в клубе Западной Хоккейной Лиги «Спокан Чифс». Находясь в США, хоккеист попал в автокатастрофу, от последствий которой долго восстанавливался . По словам самого спортсмена, это стало одной из причин его возвращения в Россию.
В сезоне 1997/1998, забросив 14 шайб, стал лучшим снайпером СКА. По окончании сезона подписал контракт с ЦСКА.
В дальнейшем Михайлов играл за московское «Динамо», петербургский СКА, а также магнитогорский и новокузнецкий «Металлурги». В составе магнитогорского клуба стал бронзовым призером чемпионата России в 2002 году, а в составе «Динамо» — обладателем Кубка Европейских Чемпионов-2006.
Участник «Матча всех звезд» Суперлиги 2003 года.
Сезон 2010/11 нападающий начал в составе ЦСКА, контракт с которым он продлил в мае 2010 года. Однако, 23 декабря соглашение между клубом и форвардом было расторгнуто.
4 января 2011 года подписал контракт до конца сезона с московским «Спартаком».
В 1996 году привлекался в юношескую сборную России, с которой стал чемпионом Европы . В 1999 году привлекался во вторую сборную России, с которой участвовал в международном турнире «Большой приз Санкт-Петербурга». За первую сборную провел 3 официальных матча (в 2003 году на «Кубке Карьяла»). Также был участником «Суперсерии легенд-99»
Выступая в новокузнецком «Металлурге» сын выдающегося советского хоккеиста Бориса Михайлова Егор играл в одном звене с сыном другого знаменитого хоккеиста — Виктором Александровым.