В 1867 году поступил на юридический факультет Казанского университета; в 1869 году перевёлся на физико-математический факультет, который окончил в 1874 году. По по представлению А. М. Зайцева был оставлен при университете; с 1875 года работал в Петербургском университете у А. М. Бутлерова и Н. А. Меншуткина. Магистерскую («Синтез вторичных спиртов и их окисление», 1885) и докторскую («К реакции окисления непредельных углеродистых соединений», 1888) диссертации защитил в Петербургском университете.
В 1882—1886 годах работал в Институте сельского хозяйства и лесоводства в Новой Александрии. С 1886 года возглавлял кафедру органической химии Варшавского университета; с 1898 года одновременно профессор и декан химического отделения Варшавского политехнического института.
Основные работы — в области синтетической органической химии. Экспериментальные занятия химией начал, ещё будучи студентом, под руководством А. М. Зайцева. В 1875 году получил действием цинкэтила на этиловый эфир муравьиной кислоты вторичный спирт диэтилкарбинол, открыв тем самым общий метод получения вторичных и третичных спиртов. В 1885 году уточнил правило окисления кетонов, сформулированное в 1868—1872 годах А. Н. Поповым. В 1888 году открыл реакцию окисления непредельных органических соединений действием слабого раствора перманганата калия в щелочной среде (окисление по Вагнеру). С помощью этой реакции доказал непредельный характер ряда терпенов; установил строение лимонена и ?-пинена. В 1899 году на примере перехода борнеола в камфен и обратно открыл камфеновую перегруппировку первого рода (перегруппировка Вагнера — Меервейна).