Родился 15 апреля 1975 года в Москве. В 1992 году закончил гуманитарный класс московской общеобразовательной школы № 57 (одноклассник интернет-дизайнера Артемия Лебедева, поэта Кирилла Решетникова, журналиста Константина Чернозатонского и др.).
Учился на историческом факультете Московского государственного университета (1992—1993) и в Российском православном университете.
С 1994 года занимается журналистикой: автор более 200 публикаций, посвящённых анализу текущей политической и религиозной ситуации в России, философии и идеологии консерватизма, истории России и Русской православной церкви. Первые публикации — в газете «Сегодня» и журнале «Альфа и Омега».
С осени 1996 до начала 2004 года состоял в Российской православной автономной церкви (РПАЦ) во главе с митрополитом Валентином (Русанцовым), известной как «суздальский раскол» — православной деноминации, отделившейся от Русской православной церкви за рубежом (РПЦЗ). В конце 1990-х руководил работой сервера «Соборность», принадлежавшего РПАЦ.
В 2004 году покинул РПАЦ, выступив с критикой её курса как антинационального и воссоединился с Русской православной церковью. С тех пор регулярно принимает участие в официальных мероприятиях Московской Патриархии. Выступал с докладами на Богословской конференции РПЦ «Эсхатологическое учение Церкви» (14-17 ноября 2005 года) и XIV Рождественских чтениях (30 января — 4 февраля 2006 года).
С сентября 2004 года по август 2007 — политический обозреватель радиостанции «Маяк». Постоянный автор интернет-изданий «АПН.ру», «Правая.ру», публикуется в газете «Известия», журналах «Главная тема», «Апология», «Имперское возрождение» и других изданиях.
Сопредседатель Консервативного пресс-клуба и председатель Консервативного совещания. В 2005 году баллотировался в Московскую городскую думу от партии «Свободная Россия». Партия набрала 2,2 % голосов и не прошла десятипроцентный барьер.
4 ноября 2005 года принял активное участие в проведении «Русского марша»: возглавил колонну Евразийского союза молодёжи, нёс в руках список иконы Казанской Божией Матери. Один из ораторов митинга, завершившего марш.
В 2006 году продолжал публицистическую деятельность, работал над телепроектом «Русский ответ» на НТВ. Из-за событий в Кондопоге работа над программой была заморожена, а весной 2007 прекращена.
Непосредственно перед Русским маршем 2006 года публично отмежевался от бывших соратников, обвинив их в «присвоении» понятия национализма лишь группе сторонников ДПНИ, в марше участия не принимал, его проведение осудил.
С конца 2006 года — президент Академии национальной политики, организатор «Высшей школы политики» при РГГУ, в лекциях которой принимали участие видные журналисты и ученые гуманитарии. С мая 2007 ведущий автор сайта «Русский Проект» партии «Единая Россия» (руководитель «Русского Проекта» Иван Демидов), с октября 2007 — главный редактор сайта.
С 19 июля 2007 — модератор созданного первоначально в рамках «Русского Проекта» «Русского Клуба», объединившего ведущих сторонников интеллектуального крыла русского национализма, являлся основным автором коммюнике этого клуба (всего по январь 2007 состоялось 10 заседаний клуба). В феврале 2008 объявил о прекращении деятельности «Русского Проекта» в его старом формате. Домен сайта был передан Центру Социально-Консервативной политики (ЦСКП), полностью ликвидировавшему архив публикаций за май 2007 — февраль 2008.
С апреля 2008 — главный редактор интернет-портала «Новые Хроники». В июле 2008 сообщил о возобновлении работы «Русского Проекта» под названием «Русский Обозреватель» в формате внепартийного консервативно-националистического издания и продолжении функционирования «Русского Клуба».
В 2011 году подписал Обращение представителей общественности против информационного подрыва доверия к судебной системе Российской Федерации.
Женат. Дочь Александра (род. в 2005 г.) и сын Владимир (род. в 2011 г.).
В выпуске за 25 декабря 2011 года в программе НТВшники было показано, в ходе эксперимента со взятием ДНК, у Егора Холмогорова обнаружился генотип схожий с коренными жителями Архангельской области жившими в районе села Холмогоры, что указывает сходство фамилии с генотипом.