Поскольку Англия всегда поддерживала Португалию на почве взаимного интереса в ослаблении Испании, после восстановления Стюартов на английском престоле старинный союз было решено скрепить браком. Чтобы заинтересовать англичан в браке, португальский король дал за дочерью баснословное приданое — города Танжер и Бомбей.
По прибытии в Лондон молодая королева оказалась отрезана от двора двойным барьером языка и веры. Её родственники были исступлёнными католиками, а среди предков числился св. Франциск Борджа, один из отцов-основателей ордена иезуитов. Неудивительно, что англиканам всегда мерещилась за ней тень папистского заговора.
Екатерина страдала от постоянных измен супруга и бездетности: дважды у неё случался выкидыш. С годами, однако, насмешки над ней уступили место уважению. После Славной революции, когда Стюарты были изгнаны из Англии, вдовствующей королеве было дозволено жить сообразно её высокому положению в Сомерсет-хаусе. В 1692 г. она вернулась в Португалию. Похоронена в лиссабонском Монастыре иеронимитов.
Екатерине приписывается введение в Англии традиции чаепитий. Считается, что именно в её честь получил название нью-йоркский район Квинс, хотя прямые доказательства этого отсутствуют.