Окончила МОГИФК (1993).
Выступала за ЦСКА (Москва) (1994—1997), «Динамо» (Москва) (1998—2000, 2004/05), «Гамбринус» (Чехия) (2004), БК «Балтийская звезда» (Санкт-Петербург) (2003/04), «Вологда-Чеваката» (2005/06), «Надежда» (Оренбург) (2006—2008), «Энергия» (Иваново) (2008/09).
В 1997 году в составе французского клуба «Орши» стала обладательницей Кубка Франции и серебряным призёром чемпионата Франции.
Также выступала за клубы Бразилии (1992—1994), Австрии, Польши, в командах «Хьюстон Кометс» и «Шарлотт Стинг» женской НБА.
В 2003 году Элен Шакировой было доверено право зажечь огонь Третьих Панармянских игр.
Мать баскетболистки — русская, отец — армянин.