Е. Ч. Скржинская занималась исследованиями по древней и средневековой истории Крыма (в том числе генуэзских и венецианских колоний на его побережье), историей средневековой Италии, развитием ремёсел, военного и горного дела в Европе Средних веков. Работы Е. Ч. Скржинской посвящены также связям средневековой Руси с Европой, этногенезу половцев, путешествиям итальянцев в Восточную Европу XIV столетия (в частности, Иосафата Барбаро и Амброджо Контарини). Большой научной заслугой Е. Ч. Скржинской явились перевод и публикация на русском языке труда Иордана «О происхождении и деяниях гетов», вышедшего в 1960 году.
Е. Ч. Скржинская родилась в семье инженера-электрика. В 1912 году поступила на историко-филологический факультет Санкт-Петербургских женских курсов (Бестужевка). Училась у таких выдающихся российских учёных, как М. И. Ростовцев, у Л. П. Карсавина, И. М. Гревса. Большое влияние на становление Е. Ч. Скржинской как историка оказала О. А. Добиаш-Рождественская.
После окончания в 1919 году Петербургского университета Скржинская работала в Российской Академии истории материальной культуры (с 1926 — ГАИМК), в том числе и под руководством академика А. Р. Марра и занималась исследованием надписей, оставленных итальянцами в средневековом Крыму.
В 1930 году она была из ГАИМК уволена (за посещение церковных служб и поддержку Карсавина), затем некоторое время перебивалась случайными заработками, а также публиковала свои работы в зарубежных исторических изданиях. Перед Великой Отечественной войной Е. Ч. Скржинская — доцент Ленинградского университета, преподавала латинскую палеографию.
С 1943 по 1953 год работала в Московском и Ленинградском отделениях Института истории материальной культуры. В 1953 году уволена «в связи с уходом на пенсию». В 1956 принята в Институт истории Академии наук, где проработала до 1970 года. Эти годы можно считать наиболее плодотворными в её научной деятельности.