Родилась 13 ноября 1958 года в Ленинграде в семье художников-графиков. С детских лет активно занималась фигурным катанием, плаванием, пятиборьем. Ещё будучи школьницей начала сниматься в кино у режиссёра Динары Асановой.
Фильм «Не болит голова у дятла» вышел на экраны в 1974 году, а в 1978 году был признан лучшим иностранным фильмом на Кубе. С тех пор предложения о съёмках поступали к Елене не переставая.
В 1978 года она закончила актёрский факультет Государственного института театрального искусства им. А. В. Луначарского. В 1979 окончила актёрский факультет Всесоюзного государственного института кинематографии (мастерская Льва Кулиджанова и Татьяны Лиозновой). Работала в Малом театре (1979—1981). Закончила режиссёрский факультет ВГИКа (1985, мастерская Александра Алова и В. Наумова). Активно снималась в 70-80-х годах, сыграла более сорока ролей. После тяжёлой болезни располнела и ушла в режиссуру.
После режиссёрского дебюта в фильме «Гражданин убегающий» — (1988) Карен Шахназаров пригласил Елену Цыплакову в своё творческое объединение «Старт». Там в 1989 году она сняла свою первую серьёзную картину — «Камышовый рай», которая удостоилась приза за режиссуру на МКФ в Сан-Себастьяне (1990).
В 1996 получила звание заслуженной артистки России.
На настоящий момент — декан факультета кино и ТВ Академии Натальи Нестеровой.
В первый раз Цыплакова вышла замуж за Сергея — коллегу из Малого театра, выпускника Щепкинского училища. Регистрация брака состоялась в Риге, где Малый театр находился на гастролях. Свидетелями стали Борис Галкин и Ирина Печерникова. Брак продлился менее года. В 1984 году Цыплакова вышла замуж за врача-стоматолога Сергея Максимовича Липеца. В 2005 году она вышла замуж в третий раз, мужа зовут Павел.