Родилась 16 марта 1963 года в Армавире в Краснодарском крае. В 1986 окончила Московский физико-технический институт. В 2001 году получила квалификацию мастер делового администрирования проучившись в Российском экономическом университете имени Г. В. Плеханова.
С 1986 по 1998 работала научным сотрудником ряда научно-исследовательских институтов, занималась системами управления. С 1998 года руководила проектами реструктуризации в Тюменской нефтяной компании. С 2002 года — директор проекта по развитию бизнеса Росгосстраха. В 2007 году назначена заместителем генерального директора по стратегии в группе компаний Ренова. С 2008 года — заместитель генерального директора ООО «Алмаз-Антей», с марта 2009 по ноябрь 2010 — генеральный директор ОАО «Нижегородский машиностроительный завод», находящегося под контролем «Алмаз-Антея».
Елена Эдуардовна Кравченко скончалась в Германии 16 ноября 2010 года, где находилась на лечении.
Была замужем, дочь — студентка МФТИ.