Елена Ксенофонтова родилась 17 декабря 1972 года в городе Хромтау, Казахская ССР. Окончила школу в 1990 году. В 1994 поступила на актёрское отделение ВГИКа. В 1998 году окончила ВГИК (курс Марлена Хуциева, актёрская группа Иосифа Райхельгауза). Далее работала в Московском театре «Школа современной пьесы». C 2000 года работает в Московском драматическом театре п/р Армена Джигарханяна.
В первый раз Елена вышла замуж в 1994 году за Игоря Липатова, но позже они развелись.
Вторым супругом Ксенофонтовой в 2003 году стал продюсер Илья Неретин (род.1964), но и этот брак вновь окончился разводом. В этом браке актриса родила своего первенца — сына Тимофея Неретина (род.2003).
В настоящее время находится в гражданском браке с неким Александром, у пары есть дочь София (10.02.11).
В 1990-е годы Елена несколько раз была диагностирована с раком мозга. 3 года Ксенофонтовой ставили капельницы, делали уколы, брали анализы. Онкология то подтверждалась, то нет. «Тогда я колола себя иголками, чтобы как-то перебить одну боль другой», — вспоминает актриса.