Елена Прудникова родилась в Ростове-на-Дону 19 мая 1949 года. Окончила Школу-студию МХАТ, курс А. Карева. Актёрскую карьеру начала в Ростовском драматическом театре. Её первые роли были в спектаклях «Тёмная история» и «Сказки старого Арбата». Через год актриса переехала в Москву и поступила в Театр на Малой Бронной. В 1975 году перешла в Театр имени Моссовета.
Мужем Елены Прудниковой является актёр и режиссёр, Народный артист России Андрей Смирнов.