Воспитанница омского баскетбола (СДЮСШОР 9), в основную команду попала в 2002 году в возрасте 15 лет, однако официальный дебют состоялся в 2004 году. На протяжении 7 лет в "Нефтянике" она выделялась стабильной игрой, была одна из столпов обороны омского клуба. В сезоне 2010/11 Елена была признана лучшим игроком команды. По окончанию сезона главный тренер "Динамо-ГУВД" Борис Соколовский пригласил в Новосибирск.
С 2011 года Елена Мишкарёва выступает в женской Премьер-лиге Чемпионата России за «Динамо-ГУВД». В составе динамовок она дебютировала в Кубке Европы.