Родилась 24 октября 1951 года в посёлке Сусуман Магаданской области в семье заключённых. С 1953 года семья Стефанович проживает в Забайкалье. Отец Елены пил и устраивал скандалы.
Елена росла нормальным ребенком. Активно занималась общественной жизнью. К окончанию школы её стихи и корреспонденции уже звучали по радио и телевидению, печатались в прессе. Вернувшись со школьного бала, предприняла попытку покончить жизнь самоубийством (наглотавшись таблеток).
В Советском Союзе всех пытавшихся свести счеты с жизнью автоматически записывали в категорию душевнобольных. Елена Стефанович попала в психиатрическую лечебницу. Ей поставили диагноз «Шизофрения с детства».
Сама писательница говорит, что ей повезло. Нейролептики, инсулиновые шоки и электрошоки многих сделали инвалидами, но Елена Стефанович сохранила ясный ум и память.
В одну из недолгих выписок из психиатрической больницы в 1971-ом году познакомилась с будущим мужем Виктором. В 1973 году родился сын — Максим. Первые три года своей жизни он провел в стенах Дома ребенка. В это время у Елены Стефанович продолжалось принудительное лечение в психиатрической лечебнице.
В 1977-ом году, после многочисленных просьб Елены отпустить её домой, она была выписана в пробный отпуск. С тех пор в психиатрических больницах лечение не проходила.
С 1980-го года перенесла 123 хирургические операции, из которых 103 были выполнены под рауш-наркозом.
После выписки продолжила активную творческую деятельность. Стала работать в молодежной редакции Читинского радио. В 1981 году выпущен первый поэтический сборник «Создать себя». В 1992-ом году вышла дебютная прозаическая книга «Дурдом», общим тиражом около миллиарда экземпляров. Книга стала настоящим бестселлером в России. Елена Стефанович получала бесчисленное количество писем со всех концов страны и из-за рубежа.
На сегодняшний день Елена Стефанович является автором двух десятков книг поэзии и прозы. В том числе автобиографические повести «Барак», «О тебе и обо мне» (написана в соавторстве с сыном Максимом).
В марте 2008-го года открылся официальный сайт писательницы на русском языке. На сайте представлены фотогалерея, полная автобиография, доступны для скачивания электронные версии произведений.
Живет в Чите.