Елена Кондакова была первой и на данный момент единственной российской женщиной-космонавтом (если не считать советских космонавтов Валентину Терешкову и Светлану Савицкую) и первой женщиной, совершившей длительный полёт в космос.
Её первый полёт в космос состоялся 4 октября 1994 года в составе экспедиции Союз ТМ-20, возвращение на Землю — 22 марта 1995 года после 5-месячного полёта на орбитальной станции «Мир».
Второй полёт Кондаковой — в качестве специалиста на американском корабле Атлантис (шаттл) (англ. Space Shuttle Atlantis) в составе экспедиции Атлантис STS-84 в мае 1997 года. В отряд космонавтов её включили в 1989 году.
С 1999 года по 2003 год — депутат Государственной Думы РФ от партии «Отечество - вся Россия». С 2003 по 2011 годы - депутат Государственной Думы РФ от партии «Единая Россия».
16 августа 2011 года Елена Кондакова заявила о выходе из «Единой России» в связи с несогласием с результатами августовских внутрипартийных выборов.