Элисон Ханниган родилась 24 марта 1974 года в Вашингтоне, США в семье Эла Ханнигана и Эмили Поснер. Через год после рождения Элисон её родители развелись, и Элисон с мамой переехала в Атланту.
С четырёх лет Элисон начала сниматься в рекламе, в школе училась играть на кларнете, а также любила играть в футбол.
В 1985 году Элисон переезжает в Лос-Анджелес и поступает в North Hollywood High School, которую заканчивает в 1992 году. Свою первую роль в большом кино Элисон сыграла в фантастической комедии «Моя мачеха — инопланетянка» (1988).
С 1990 по 1995 годы Элисон снимается в рекламе и играет небольшие роли в телесериалах «Розанна», «Застава фехтовальщиков» и «Прикосновение ангела».
В 1997 году Элисон получает роль Уиллоу, лучшей подруги главной героини в телесериале «Баффи — истребительница вампиров».
Со своим будущим мужем, Алексисом Денисоф, познакомилась на съемках сериала «Баффи — истребительница вампиров», где Алексис играл Уэсли Уиндема-Прайса.
Актёры начали встречаться в начале 2000 года, и в декабре 2002 года объявили о своей помолвке. Свадьба состоялась 11 октября 2003 года.
24 марта 2009 года, в день своего рождения, Элисон родила дочь Сатьяну.
В декабре 2011 года представитель Элисон Ханниган объявил, что пара ждет своего второго ребенка.