Родился 22 декабря 1916 год (4 января 1917 год)а в деревне Хонхолой (ныне — Мухоршибирский район республики Бурятия), в крестьянской семье. Школьные годы прошли в Барнауле.
С 1936 года жил в Москве. В 1938 году поступил в Библиотечный институт, в следующем году перевёлся в Литинститут, который окончил в 1944 году. Его наставником был Константин Федин, которому, по некоторым данным, он обязан своим псевдонимом.
Мальцев был секретарём писательского парткома, заместителем главного редактора журнала «Октябрь».
Е. Ю. Мальцев похоронен в Москве на Востряковском кладбище.
Дочь писателя — поэтесса Надежда Мальцева.
Роман «От всего сердца» (1948) удостоен Сталинской премии второй степени (1949). По нему совместно с Н. Венкстерн была написана пьеса «Вторая любовь», а композитор Г. Л. Жуковский создал оперу, за которую получил Сталинскую премию третьей степени, однако в опере действие было перенесено из алтайской деревни на Украину, что по каким-то причинам не понравилось И. В. Сталину — композитор был лишён премии. В 1950 году по роману был снят одноимённый фильм, где действие также происходит на Украине, фильм был запрещён, затем снова восстановлен под названием «Щедрое лето». В трехтомном собрании сочинений Елизара Мальцева в 1985 году под прежним заголовком «От всего сердца» опубликован роман, на 90 % не имеющий ничего общего с ранним вариантом.