Василий Борисович Емельяненко родился 16 января 1912 года в посёлке Николаевский, ныне город Николаевск Волгоградской области, в семье рабочего. Русский.
В 1932 году студент композиторского факультета Московской консерватории Василий Емельяненко поступил в Саратовскую школу пилотов Осоавиахима и через год окончил её. Ещё через год окончил Центральную лётно-инструкторскую школу в Москве.
В июне 1941 года работал лётчиком-инструктором николаевского аэроклуба. С началом Великой Отечественной войны добровольно пошёл в военкомат и был направлен в учебно-тренировочный центр Южного фронта. В мае 1942 года направлен на фронт в 7-й гвардейский штурмовой авиационный полк. Азы боевого применения штурмовика Ил-2 постигал под руководством Николая Антоновича Зуба.
Летом 1942 года лейтенант Емельяненко повёл группу из шести Ил-2 на штурмовку колонны немецких войск в район Манычского канала. При выполнении задания его самолёт был сбит зенитным огнём. Василий Борисович совершил вынужденную посадку в степи в километре от разбитой колонны, от которой к месту посадки штурмовика уже бежали немецкие солдаты… Под огнём врага один из лётчиков группы Михаил Талыков посадил свой самолёт рядом, забрал Емельяненко и тем самым спас ему жизнь.
К августу 1943 года штурман 7-го гвардейского штурмового авиационного полка (230-я штурмовая авиационная дивизия, 4-я воздушная армия, Северо-Кавказский фронт) гвардии капитан Василий Емельяненко на самолёте Ил-2 совершил 88 боевых вылетов, уничтожил и повредил 23 самолёта противника, подбил и сжёг десятки танков и автомашин, нанёс врагу большой урон в живой силе. В воздушных боях лично сбил 2 вражеских самолёта. Трижды был сбит сам.
В конце 1943 года назначен инспектором по технике пилотирования 230-й штурмовой авиационной дивизии. Вылетал с группами на боевые задания, а по возвращении проводил разбор полётов, передавая свой богатый боевой опыт молодым лётчикам.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 13 апреля 1944 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецко-фашистским захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм гвардии капитану Емельяненко Василию Борисовичу присвоено звание Героя Советского Союза.
В 1944 году направлен на учёбу в Военно-воздушную академию, которую окончил с золотой медалью. После войны работал преподавателем кафедры тактики авиации в Военной академии имени М. В. Фрунзе. С 1973 года полковник Емельяненко В. Б. — в запасе, затем в отставке.
Кандидат военных наук. Член Союза писателей СССР. Почётный гражданин города Николаевска.
Василий Борисович Емельяненко скончался 24 февраля 2008 года в Москве.