На 71-ой церемонии вручения премии «Оскар» Мэдиган стала одной из тех, кто отказался аплодировать режиссёру Элиа Казану, которому был вручён почётный приз киноакадемии.
С 1983 года Эми Мэдиган замужем за актёром Эдом Харрисом, от которого родила дочь Лили.