В 1886 году поступает учиться живописи в парижское художественное ателье Фернана Кормона, где знакомится с Тулуз-Лотреком и ван Гогом. В том же году изгоняется из ателье «за упрямство». В 1886—1888 годах живёт в Понт-Авене, где присоединяется к художественной группе Понт-Авен и становится другом Гогена. Здесь же, в 1887 году, совместно с Луи Анкетеном, разрабатывает клуазоннистский стиль живописи, заключающийся в использовании разделяющих различные цвета контуров рисунка.
В 1890 году Эмиль Бернар переживает религиозный кризис, после чего мастер обращается к предметам и сюжетам средневекового искусства. В 1891 году разрывает дружбу с Гогеном и присоединяется к символистской группе Одилона Редона и Фердинанда Ходлера.
В 1893—1903 годах путешествует по Египту, Италии и Испании. В эти годы создаёт по большей части религиозные и символистские полотна.
Бернар, являясь одним из значительшейших мастеров группы Порт-Авен, в начале своего творчества склонялся к примитивизму, в конце же жизни копирует полотна венецианских мастеров — столь широким оказался разброс его художественных увлечений. В то же время творчество Бернара оказало решающее влияние на работы Пабло Пикассо в его «голубой период». Длительные дружеские отношения Бернара с ван Гогом, Гогеном и Сезанном оставили после себя весьма ценную для исследователей творчества художников переписку, проливающую свет на образ мышления и чувствования великих мастеров живописи.