Живопись изучал в Пражской Академии в 1903—1906 годах. С 1911 года в своём творчестве обращается к кубизму.
Вместе с такими чешскими художниками, как Винценц Бенеш, Отто Гутфройнд, Павел Янак и Антонин Прохазка, Эмиль Филла участвует в 1913 году в Первом Немецком Осеннем салоне в Берлине.
В работах конца 1910-х начала 1920-х годов чётко прослеживается соединение тенденций кубизма и немецкого экспрессионизма (например, натюрморт «Корзина фруктов», 1916-17, Прага, Народная галерея). В то же время Филла как художник находился под сильным влиянием творчества Пабло Пикассо, которое сказывалось и в более позднее время, даже тогда, когда Филла перенимает экспрессионистскую подачу формы на своих картинах (смотри «Женщина после купания», 1930, Прага, Народная галерея).