Изучала русский язык, провела один год в Москве и даже участвовала в постановках МХАТа.
В 2000 году Эмили познакомилась с американским актёром Алессандро Нивола (), 3 января 2003 года они поженились. 23 сентября 2003 года в Вестминстере, Лондон у них родился сын Сэмюэль Джон. 15 января 2010 года у них родилась дочь Мэй Роуз. В этом же году она приняла американское гражданство, чтобы не платить налог на наследство, если что-то произойдёт с её мужем. Мортимер — атеистка.