Среди болельщиков имел прозвище «стервятник» от испанского El Buitre. Игра Эмилио — с выжиданием опасного момента, который можно превратить в гол — напоминала игру хищной птицы. Появившись в клубе в 1984 году, Эмилио был яркой фигурой вплоть до 1995 года, когда Бутрагеньо перешёл в состав «Атлетико Селайа», в котором провёл 3 сезона.
В 1980-х годах Бутрагеньо играл вместе со знаменитым футболистом сборной Мексики — Уго Санчесом. Одним из партнёров Эмилио был Мигель Мичел. Всего за «Реал» Бутрагеньо провёл 341 матч и забил 124 гола. С 1984 по 1992 Бутрагеньо выступал за сборную Испании. Участник чемпионатов мира по футболу 1986 и 1990. Участник чемпионата Европы по футболу 1988. Обладатель Кубка УЕФА 1985 и 1986 годов. Чемпион Испании 1986, 1987, 1988, 1989, 1990, 1995 годов.
Снялся в 5 фильмах, в которых играл самого себя. Вице-президент «Реал» Мадрид.