Эмилия Кларк получила театральное образование в Лондонском драматическом центре (англ. ), который закончила в 2009 году.
Во время обучения сыграла в нескольких спектаклях Центра: драмах , , (букв. «Дикий мёд») — адаптации ранней пьесы Чехова, известной в России как Безотцовщина (другие названия — Пьеса без названия и Платонов), трагедиях Гамлет, Эмилия Галотти, , комедиях Пигмалион, Сон в летнюю ночь, Ревизор , , а также роль в пьесе (букв. Ощущение) старейшего некоммерческого театра Лос-Анджелеса англ. , в 2009 году. В том же году снялась в телерекламе британской телефонной и Интернет-службы психологической поддержки Самаритяне (Samaritans). В 2010 году была утверждена на роль Дейенерис Таргариен в телесериале HBO Игра престолов, после отказа от участия в проекте Тамзин Мерчант, которая планировалась на эту роль ранее. Была удостоена за нее премии EWwy Award () 2011 года журнала Entertainment Weekly в категории «Лучшая драматическая актриса второго плана» (Best Supporting Actress in a Drama).