В основную команду «Аякса» Боаки попал в 2005 году, когда многие защитники клуба были травмированы. Дебют Эммануэла состоялся 24 сентября 2005 года в матче против «Роды». В общей сложности Боаки сыграл за «Аякс» 6 матчей. В августе 2006 года Боаки на правах аренды перешёл в клуб «Хераклес», срок аренды был рассчитан до 30 июня 2007 года. До этого, в апреле 2006 года, Эммануэл продлил контракт с «Аяксом» до 2008 года.
В «Хераклесе» Боаки стал основным игроком обороны, сыграв в сезоне 30 матчей. После окончания аренды «Хераклес» выкупил права на футболиста у «Аякса», а Боаки подписал с клубом контракт на три года.
В конце мая 2009 года Эммануэл перешёл в роттердамскую «Спарту», подписав с клубом контракт на два года
В декабре 2010 года через арбитражный комитет «Спарта» расторгла контракт с Боаки.
Так как в декабре 2006 году Боаки получил нидерландское гражданство, то Эммануэл мог выступать за Нидерланды, но Боаки решил выступать за сборную Ганы. Эммануэл сыграл два матча за молодёжную сборную Ганы, а также за олимпийскую сборную Ганы.