Когда его отец, был вынужден в борьбе Франции с Испанией встать на сторону последней, Эммануил поступил на службу в испанскую армию (1545) и быстро завоевал себе репутацию даровитого полководца. После перемирия 1556 он получил под командование нидерландскую армию и в 1557 разбил французов при Сен-Кантене, что привело к заключению мира в Като-Камбрези (1559). Согласно одному из условий мирного договора Эммануил получил обратно свои владения. Страна была разорена, но он довольно быстро сумел восстановить её благосостояние. При нём столица Савойи была перенесена в 1563 из Шамбери в Турин.
После заключения Като-Камбрезийского мира в 1559 году Эммануил Филиберт женился на сестре французского короля Генриха II Маргарите де Валуа.
В браке родился единственный сын - Карл Эммануил, будущий герцог Савойский Карл Эммануил I.