Родился в Тистед (коммуна), окончил Копенгагенский университет (1857) со специальностью «биолог». Один из первых популяризаторов дарвинизма в Скандинавии. Широко известен, однако, как писатель, оказавший влияние на развитие психологической и импрессионистической западноевропейской литературы. В его сочинениях, аналитичность сочетается с эмоциональной насыщенностью, исторической конкретностью и красочностью.
Любимый писатель немецкого поэта и философа Райнера Марии Рильке, который в своих «Письмах к молодому поэту» так описывает произведения Якобсена:
«… Из всех моих книг лишь немногие насущно необходимы для меня, а две всегда среди моих вещей, где бы я ни был. Они и здесь со мной: это Библия и книги великого датского писателя Иенса Петера Якобсена.
Достаньте небольшой сборничек Якобсена „Шесть новелл“ и его роман „Нильс Люне“ и начните читать первую же новеллу первого сборника под названием „Могенс“. На Вас нахлынет целый мир: безбрежность, и счастье, и непонятное величие мира. Побудьте немного в этих книгах, поучитесь тому, что кажется Вам достойным изучения, но прежде всего — полюбите их. Эта любовь Вам вознаградится сторицей, и как бы ни сложилась Ваша жизнь — эта любовь пройдет, я уверен в этом, сквозь ткань Вашего бытия, станет, быть может, самой прочной нитью среди всех нитей Вашего опыта, Ваших разочарований и радостей.
Если мне придется сказать, от кого я много узнал о сути творчества, о его глубине и вечном значении, я смогу назвать лишь два имени: Якобсена, великого, подлинно великого писателя, и Огюста Родена, ваятеля, который не имеет себе равных среди всех ныне живущих художников…»